10 重测序寻找T-DNA插入问题
大家好，我对一个显性T-DNA插入突变体进行重测序，和水稻基因组对比之后会有一些未对比上的序列。 然后我以35S为参考序列，把这些未比对上的序列和35S进行比对，得到的结果都是和35S完全吻合。
请问各位，bowtie2或者tophat2是否有参数，调整容错率，能够分离出来一半是35S，一半是水稻基因组的序列呢？
先谢过各位
最佳答案 2019-02-18 14:00
外源插入可以参考这个查找：https://www.omicsclass.com/article/52
重测序数据比对一般用bwa；
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