5 各位老师,请教个问题,二代测序获得的病毒数据库中存在部分细菌序列污染,请问这个细菌污染序列怎么去除比较好?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可以用blast比对NT病毒数据库,比对上的reads进行去除。

老师能讲解的在具体点不,比如选择blast哪个子程序?怎么对比对上的reads去除呢?

omicsgene 回复 周亮

DNA序列当然用blastn了,这个比较麻烦,没有linux和编程基础很难完成;还要有大型服务器才行。

周亮 回复 omicsgene

谢谢老师,能稍微讲解下思路?谢谢。

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