WGCNA hub gene的解读

老师,你好。我有一个关于WGCNA的问题。我的一个芯片里面都是癌的样本,然后我把这些样本所有基因表达数据都用来构建WGCNA,分了模块之后,跟临床远处转移的性状关联起来,得到跟性状关联的模块,然后根据GS>0.2,MM>0.8的条件筛出模块hub gene。但是,我回过头来看。发现,我这些hub gene在有转移的癌和没有转移的癌表达量是没有变化的。这怎么解释?为什么表达量没有变化的基因会对转移这个临床性状有影响?不应该是表达量变化,才导致功能异常,才会对性状造成影响吗?这些都不变化,为什么会是跟转移相关的hub gene。怎么解释呀?

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1 个回答

Daitoue

1、hub 基因指连通性高的 基因,严格的删选方法是通过连通性筛选,GS>0.2,MM>0.8值的目的应该是 ——尽量选择 指定模块内和指定性状相关性较高的基因,并且这个基因在该模块内起到比较主导的作用——不是严格意义的hub基因。

2、基因表达是否变化和它是否属于hub基因没有直接关系,同一个模块内基因的表达协同性较高,统一的变化程度上应该相近。

3、变化是有程度的,完全无变化还是小程度的变化,同时,不同基因表达量的多少对应能起到的作用并不完全相同,有的基因高表达 有的基因低表达,请根据基因具体讨论。

4、质量性状和数量性状不同,由此计算性状与模块的相关性 获得的结果所能展示出的效果不一样。需要具体情况具体分析。

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