您好!老师。最近学习了组学大讲堂的基因家族分析课程,有个问题想请教您。
比如说我鉴定到一条NBS-LRR基因,用NCBI中的CDD工具发现它的NBS结构域是完整的,但是用Pfam数据库验证又不是完整的,让人很迷惑。
到底该怎样去判断一个基因中包含的某个蛋白结构域是否完整呢?
这个看筛选条件了,有的家族进化比较快所以基因之间差异较大,有的家族进化慢,基因之间的保守性高;
NCBI的CDD工具更新较快,确认是完整的建议保留;
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请问如果一个基因做了RACE,但是用NCBI预测它结构域不完整是为什么呢?