老师您好，我有一个物种的基因组，通过基因注释，找到了一个家族的基因，在与相似物种的已知基因组进行比对分析鉴定，得到家族基因。发现与相似物种该基因家族相比具有扩张，建系统发育树，发现每个物种自身的家族聚类一起，我们还有什么方法可以具体鉴定那几条基因是扩张出来的吗？谢谢
关于基因家族基因的扩张与收缩，为比较基因组分析内容，比较复杂，不是简单几句就能解释清楚；
你可以参考这篇文章，借鉴一下方法：
https://www.nature.com/articles/ncomms3071
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