主要原因有两个：1. 不同的基因具有相同的功能：不同的基因通过注释具有相同的功能，而不同的基因其差异情况并不一样；2. 许多酶是复合物：组成酶的复合物包含了一个家族的多个基因和不同的调控因子，它们之间的调控机制尚不清楚，反映在图上会有部分上调，部分下调。
