GO（Gene Ontology）是一个国际标准化的基因功能分类体系，具体分为分子功能（Molecular Function，MF）、生物过程（biological process, BP）、和细胞组成（cellular component, CC）三个ontology。根据实验处理条件，分别从三个层面挖掘显著富集的GO功能条目，比如研究叶片颜色，我们可以挖掘CC层面的叶绿体，类囊体膜成分，BP层面的电子传递等。

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是系统分析基因功能、基因组信息的数据库，它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。因此可以通过Pathway显著性富集能确定差异表达基因参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径。若想从种类繁多的KEGG富集条目中找到自己关注的，我们可以根据Rich factor值、Qvalue值或富集到此通路上的基因个数来衡量KEGG的富集程度，找到富集最显著的通路，比如研究高原反应，我们可以找到与呼吸功能相关的通路，若是研究免疫系统的，我们可以找到炎症因子、TNF相关通路。从而从通路中去找到表达倍数显著的基因去进行验证，进一步解释相关分子表达机制。