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50 GEO转录组数据合并

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5 请问一下，这样的RNA降解图是好还是坏呢，好像不同的RNA降解图差别都挺大，请问判断这个图的标准是什么呢

  • 2022-05-15 15:33
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5 安捷伦双色通道：探针表达值是什么？log2（R/G）还是 log2（G/R）

  • 2021-01-26 13:49
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3 GSEA基因表达数据文件报错

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5 关于用SVM和LASSO方法筛选标记基因的问题

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10 有些GEO数据没发表论文/文章，可以拿来用吗？

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5 Seurat 直接读取的表达矩阵可以是经过log2plus1和normalizaed to 10,000 counts per cell的矩阵吗？需要转化成raw count吗？

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5 请问老师密度图绘制出来为什么是这样？

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5 如果geo下载的矩阵是标准化的但没有去log，那我利用这个矩阵用Excel计算出log值以后再用lima包进行差异分析吗？还是说需要重新下载原始数据用r进行标准化处理呢？

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10 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码：5ls1）

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3 请问在GEO中收到的比如肝癌的随便一篇文章的数据都能拿来分析自己的问题么？应该怎么选择用哪组数据

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10 Ilumina芯片 IDAT原始数据标准化处理

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10 GEOquery包的getGEO函数无法下载 无法与服务器建立连接

  • 2019-11-11 16:41
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5 老师你好，我看了你多芯片illmina 标准化的视频，用你的代码发现处理不了GSE29248的数据，我发现这个矩阵的列和你视频教的不一样，不知道这种数据如何处理？？？

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5 老师您好，想咨询GEO问题

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5 agilent双通道芯片数据标准化

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5 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol。

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5 关于Rstudio最新版本中Biobase和GEOquery安装的问题

  • 2019-08-12 09:52
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10 chip-deg5 载入fData

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8 Agilent单色背景校正，Error in if (alpha <= 0) stop("alpha must be positive")