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老师您好，我按照GEO芯片数据挖掘课堂上所讲的内容，通过网站直接下载了葡萄GSE = "GSE36128"和 GPL = "GPL13936"，如何能通过避免代码下载的方式获得expressionMatrix.csv,sampleTreatmentdetail.csv以及platformAnnotation.csv这三个文件?

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GEO数据标准化问题

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5 请问老师密度图绘制出来为什么是这样？

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GEO下载GSE报错

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老师，您好，我下载下geo原始数据，经标准化处理后，基因的表达值显示为 964316794613767；9 这是什么意思，不是说过表达值经log处理基本上在0-几十的样子，怎么变成这样了？这两个数字代表什么意义？

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老师，从GEO数据库下载的数据是标准化后的RNA-seq数据，能用哪个R包进行差异分析

  • ox 2020-07-27 11:05
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geo数据库中，双通道的矩阵与单通道的矩阵（均已标准化并取log值）都是可以进行WGCNA的吧，如果是的话，那两者的r语句应该是一样的吗？

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请教你个问题，如图所示

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第一张图是geo直接下载的矩阵文件，是经校准的log数值，而在按照大讲堂标准化处理的课程，我标准化处理后形成的文件不是矩阵类型，而且每个基因的值是 “一串数字；个位数”的格式（如图二所示），请老师解释一下这种数值是什么意思，我应该如何转化成矩阵那样的数据呢？

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5 如果geo下载的矩阵是标准化的但没有去log，那我利用这个矩阵用Excel计算出log值以后再用lima包进行差异分析吗？还是说需要重新下载原始数据用r进行标准化处理呢？

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10 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码：5ls1）

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转录组数据

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利用FileZIlla上传转录组数据到GEO，为什么用电脑默认的ip地址没问题，用NCBI提供的主机名、账号就连接不上服务器，哪位大神可以指点一下

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请问在运行利用exprs()获取表达矩阵 exprSet = exprs(gset)时，报错Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature ‘"factor"’不知道什么原因？

  • 荣 2020-03-16 22:59
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老师，我的counts值的mRNA表达数据，用limma包之前，需要将表达矩征标准化嘛？

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3 请问在GEO中收到的比如肝癌的随便一篇文章的数据都能拿来分析自己的问题么？应该怎么选择用哪组数据

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R语言分析GEO数据，您好老师，19年参加培训的时候就是用的R3.6.1，自己运行出现如下报错

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在GEO分析中遇见的问题

  • 2020-02-03 00:43
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GEO数据挖掘中遇见的问题

  • 2020-01-18 12:47
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你好，老师，能用R语言软件分析GEO数据库中关于lncRNA、microRNA及DNA甲基化表达芯片吗？