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全基因组关联分析GWAS教程中的beagle填充问题
基因组
beagle
GWAS
山枫
2025-04-10 13:34
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老师,用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后,出现了报错,分别截图了基因型文件,表型文件和报错信息,请老师解答。文件是用的tsv格式,只是用excel打开了,命令就是将脚本提供的命令中的文件改成了自己的文件
zjc
2025-04-09 10:53
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老师您好,针对这个问题https://www.omicsclass.com/question/7725。你们提到:你这个数据里面是不是P值有0的情况,取了对数就无穷大了,导致出问题。但是,我发现里面没有P值为0的情况,那是不是脚本gwas_manhattan_plot.r有问题呢?需要修改gwas_manhattan_plot.r脚本的什么地方才可以解决顶部只能画半圆的问题呢?还有,我发现P-Value的原始文件有NaN的情况,是什么原因呢?是否对GWAS有影响呢?
群体研究合辑(基因组重测序、遗传进化、GWAS、BSA)
GWAS
John
2025-03-18 15:15
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老师,二代测序数据可以GWAS分析嘛?植物上做GWAS的话测序深度5X可以嘛?
CHENjh
2025-03-12 15:29
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3
GWAS 曼哈顿 Manhattan 图像问题
群体研究合辑(基因组重测序、遗传进化、GWAS、BSA)
GWAS
Manhattan
John
2025-03-11 11:30
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GWAS分析程序问题
plink
John
2025-03-11 09:17
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老师,我有两个分级性状,需要进行BLUP嘛
CHENjh
2025-03-04 22:03
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请问老师单倍型分析结果中,我怎样确定block区间,如下图。请老师解答哪些标记划分为block1,哪些标记划为block2
单倍型
2025-02-23 21:38
1
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通过GWAS分析找到显著snp后,对这个snp进行单倍型分析,把群体分为了3种单倍型,结合表型做了显著性分析,发现3种单倍型的表型不存在显著差异,这样的结果说明这个snp是阴性结果吗?
单倍型分析
Faith_
2025-01-17 21:55
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请问单倍型分析时遇到这个问题该怎么处理
189****2515
2025-01-15 17:29
0
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314
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请问单倍型分析一直显示错误怎么办
189****2515
2025-01-15 14:11
0
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299
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请问单倍型分析时遇到这个报错应该怎么解决
2025-01-15 13:57
1
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老师您好,单倍型分析的图是这样的,我关注的是蓝色框起来的标记,这个snp处于一个高度连锁的区域吗,属于左边的block还是右边的block呢
单倍型分析
Faith_
2024-12-09 08:33
1
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老师您好,单倍型分析的图是这样的,我关注的是蓝色框起来的标记,这个snp是否处于一个高度连锁的区域,属于左边的block还是右边的block呢
2024-12-08 23:43
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GWAS分析
shidandan
2024-11-21 21:37
2
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在filezilla里,将硬盘里的数据拖进自己建立的文件夹是总是传输不成功,是什么qingkuang
不如
2024-10-27 20:16
2
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1088
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在用gemma进行亲缘关系矩阵计算时,已经給fam文件添加表型但还是报错
GEMMA
林烨奇怪怪。
2024-09-29 15:21
1
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1030
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gwas脚本中的tassel计算变异位点p值的命令中,结果会自动过滤掉indel,如何保留indel,并计算其p值?
indel变异的p值计算
2024-09-03 17:57
2
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934
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gwas根据阈值筛选关联的SNP,并生成bed文件,排序时无法生成标准的bed文件
per
2024-08-22 15:07
0
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789
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为什么vcf文件根据不同参数过滤后保留163138个位点但最终LM和LMM进行关联时却只有102296个snp位点?
林烨奇怪怪。
2024-08-20 17:50
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