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3 GWAS计算表型数据blup时一直出错

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在用gemma分析gwas时，调用perl脚本中的sort_trait.pl，发生报错，请老师帮忙解答，谢谢老师。

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怎么过滤vcf文件中INFO列中的DP参数？

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感兴趣的区域LD热图不包括indel位点？

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关于基因受选择计算

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tajimaD pi绘图

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gwas脚本中的tassel计算变异位点p值的命令中，结果会自动过滤掉indel，如何保留indel，并计算其p值？

  • 2024-09-03 17:57
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老师您好，为什么在gwas最后的筛选关联区域SNP信息时，总报错错误信息如下，总是被杀掉，vcf文件应该是没有错的，截图如下，输入文件如下，请您帮忙查看，我该怎么修改我的命令

  • WHR 2024-08-04 18:46
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在用gemma进行亲缘关系矩阵计算时，已经給fam文件添加表型但还是报错

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老师我已经用gemma找到了显著位点，现在想将两位点之间连锁不平衡程度r方大于0.35，且标记之间距离在300KB以内整合成一个qtl，应该用什么命令啊？

  • WHR 2024-08-15 12:30
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gwas根据阈值筛选关联的SNP，并生成bed文件，排序时无法生成标准的bed文件

  • per 2024-08-22 15:07
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为什么vcf文件根据不同参数过滤后保留163138个位点但最终LM和LMM进行关联时却只有102296个snp位点？

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在filezilla里，将硬盘里的数据拖进自己建立的文件夹是总是传输不成功，是什么qingkuang

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GWAS分析

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老师您好，单倍型分析的图是这样的，我关注的是蓝色框起来的标记，这个snp是否处于一个高度连锁的区域，属于左边的block还是右边的block呢

  • 2024-12-08 23:43
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老师您好，单倍型分析的图是这样的，我关注的是蓝色框起来的标记，这个snp处于一个高度连锁的区域吗，属于左边的block还是右边的block呢