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20 GAPIT使用异常

  • 2022-09-14 22:15
1 解决

5 tassel做GWAS的时候曼哈顿图画不出来

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3 GWAS分析时，基于不同模型分析结果P值计算的膨胀系数相差很大，请问这是什么原因导致，该如何解决。

  • JIE 2022-06-18 10:02
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5 tassel做PCA分析时候的报错

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5 emmax、gemma 这两个做关联分析，曼哈顿图没有，唯有gapit、tassel才正常出图

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3 老师您好 我在做转录组找snp用的软件是gatk，在 HaplotypeCaller call 完 没有0/0基因型这是我哪里出了问题吗

  • zzz 2022-01-04 16:16
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10 想问一下，RNA-seq测序之后，进行snpcalling得到的一些snp位点是杂合的，关联分析时按缺失小于0.2,第二等位基因频率大于0.05过滤后，得到的显著位点正好是杂合位点。想问一下，进行关联分析时，怎么处理的分子数据中的snp杂合位点，是直接当成缺失，还是过滤掉，还是基因型填充，还是直接导入tassel进行关联分析？谢谢各位老师

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10 老师您好，我用tassel关联出了位点的p值，如果我想用R筛选出前5%的p值该怎么做？

  • 2020-07-02 15:17
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5 做完GWAS分析有必要做转录组测序进行关联验证么？

  • 2019-01-11 16:27
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5 请问GWAS分析中的D-block图有人会做吗？

  • 2018-12-04 10:34