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get_gene 得到的gene.txt

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老师您好，想向您请教关于GWAS分析时的问题

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利用gapit，FarmCPU模型做GWAS分析的时候出现ERROR mypower

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GWAS分析中提示Error in hclust(d, method = method) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11) Calls: pheatmap -> cluster_mat -> hclust Execution halted

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在利用GAPIT做GWAS分析的时候，到第二步可视化绘图的时候出error

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利用tassel生成曼哈顿图的时候出error

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5 tassel做PCA分析时候的报错

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老师您好，我想问一下小麦扫描的90K芯片数据进行GWAS分析，在GWAS分析之前，可以跟着你们重测序和群体结构分析的课程进行吗？要是可以的话，重测序所需要的fastq格式的怎么弄，我现在只有基因型的格式（txt）

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阈值筛选关联的SNP，并生成bed文件空白

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5 emmax、gemma 这两个做关联分析，曼哈顿图没有，唯有gapit、tassel才正常出图

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bedtools intersect -wo -nonamecheck -F 0.1 -a region_merged.bed -b $vcf >var.txt

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利用emmax进行GWAS分析

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pop_group.txt文件应该怎么正确准备，Gwas视频里准备文件格式，总有哪里不对。

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3 老师您好 我在做转录组找snp用的软件是gatk，在 HaplotypeCaller call 完 没有0/0基因型这是我哪里出了问题吗

  • zzz 2022-01-04 16:16
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关于BLUP值计算的问题

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关于BLUP值计算的问题

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GWAS表型如何表示

  • Iron 2021-04-27 14:02
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关于基因表达的问题？

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10 想问一下，RNA-seq测序之后，进行snpcalling得到的一些snp位点是杂合的，关联分析时按缺失小于0.2,第二等位基因频率大于0.05过滤后，得到的显著位点正好是杂合位点。想问一下，进行关联分析时，怎么处理的分子数据中的snp杂合位点，是直接当成缺失，还是过滤掉，还是基因型填充，还是直接导入tassel进行关联分析？谢谢各位老师

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10 老师您好，我用tassel关联出了位点的p值，如果我想用R筛选出前5%的p值该怎么做？

  • 2020-07-02 15:17