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基因家族分析

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在基因家族分析中的顺势作用元件分析中有几个差不多的元件是不是一个元件

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3 基因家族分析 kaks分析

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ka/ks分析，有的基因没有axt文件

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gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-14 22:00
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老师您好，我手上有一个基因的基因序列，通过pfam知道了它属于哪个基因家族，但是没有找到有做过这个基因家族的生信基因家族分析鉴定的文章，请问这种情况下能做基因家族分析吗？该怎么进行呢？

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5 请问利用jcvi整理泛基因列表，做JCVI做共线性分析时，一直提示/bin/bash: lastdb: command not found，是没有安装Last软件包吗？目前使用的镜像是购买课程时老师提供的，数据是26个玉米基因组数据（由于空间不足，只用了19个基因组）

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泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

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3 请问，在3个数据库中进行结构域确认时，为什么我出不来和老师一样的结果，是不是使用的_pep_need_to_confirm.fa文件里面基因名称一行需要修改？

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老师，想问一下我泛基因集构建生成的last.gene.pair.txt文件是乱的，这个怎么办呢？应该怎么统一一下呢？

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老师，在泛基因集构建时JCVI的比对，出现以下错误

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ka/ks分析，拆分泛基因列表，缺少一个基因，泛基因列表有38个，而拆分出的文件只有37个

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老师，我的基因组有113个，今天运行整理泛基因集列表中共线性分析生成pangene.bed和pangene.cds那一步，已经运行了18个小时了，才运行到79个基因组，其他步骤也是，比较慢，有没有快一点的方法呢？与网络有关系吗，换一个快的网线能加快进度吗？或者有没有其他命令可以加快。

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构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

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第一张图片为smart，没有查询到结构域。第二张图片为interpro，共有135条序列，最后显示结果为118。图3为CDsearch查询结果，为135条。最终形成的新的IDlist是不是以interpro为准，118个ID

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想问一下视频课程里的data内容换成自己的数据就行了嘛？

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运行hmmsearch返回结果为空，后来再试时报错

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老师，我在做泛基因列表时，提取最长转录本都成功提取，但其中一个基因组一直无法提取cds，后来查看提取出的转录本格式一样，但有些内容可能与其他基因组不一样（下载数据时，这个基因组格式是gff3，其他为gff，提取最长转录本时我把他改为了gff），您那边是否可以帮忙修改这个基因组的gff文件，

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20 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析，无法获取longest_isoform.gff3文件

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老师，构建泛基因列表使用的vcf文件，是下面图中的sv数据吗，下面表格包括了CHROM，POS，REF，ALT，TYPE，MAF,MIS，ANN，将这些数据整理成vcf吗？