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老师好，我在使用samtools进行染色体长度获取时出现了这种报错。此物种的gff3文件没有具体的染色体长度注释，以及使用基因组染色体的fasta文件进行统计的话数据很多，工作量很大，麻烦老师帮忙看看怎么解决这个问题。谢谢老师！

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亚细胞定位预测所用的序列是基因的蛋白序列还是这类家族的结构域部分的蛋白序列？如MAP基因家族中某个基因的蛋白序列，还是这个基因中MAP结构域的蛋白序列

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Ka Ks值异常？

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老师你好，我想问一下亚基因家族没有pfam号的话，使用blastall，那比对率要设置多少合适呢？

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50 求教老师，我在做大麦基因家族分析构建进化树时，拟南芥中的已知的成员和我大麦中鉴定出的成员分不到一起，拟南芥单独分了一支，没办法做比较，这种情况怎么解决呀

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60 求教各位老师，做大麦基因家族分析构建系统进化树时，拟南芥家族成员分到了单独一支，和大麦成员没法做比较。这种情况怎么解决呀

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3 在基因家族分析的课程里，提取结构域序列，WRKY基因家族当时以提取第一个结构域序列为例，两个结构域都是WRKY DNA -binding domain，为什么要提取第一个结构域呢，我想知道怎末确定自己要提取哪个结构域序列？希望老师解疑惑

  • : ) 2022-11-08 21:47
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hmm搜索失败，已检查hmm文件，并重新建hmm模型，还是报错。

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motif

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blast建库,DNA序列,all vs all 比对后输出文件0kb

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有几个不同品种的文件夹怎么进行基因鉴定？是单独鉴定还是合并呢？合并是要怎么合呢？

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关于基因结构分析失败的原因分析

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10 【MCScanX】 tandem文件中【串联重复】基因对，若其中一个基因A属于已鉴定基因家族，另一个基因B由于结构域不完全被剔除在外。请问在circos绘制串联重复图时，还要保留A基因吗？

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请问虚拟机进不去咋办

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老师您好，我做藻的基因家族分析，构建进化树的过程中遇到了mega软件比对NJ法不能够完全比对成功，显示总是有一次错误，进化树显示不完全，更换其他方法后，进化树也都显示不完全，请问这样的有什么解决办法嘛

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基因家族成员系统发育树

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3 建立进化树

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老师，我共线性出的图没红线，这是怎么回事啊

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3 建立进化树

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20 我使用OrthoMCL处理blast产生的结orthomclBlastParser blastresult compliantFasta > similarSequences.txt，出现了问题，不知道怎么解决