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Bio-Linux输入命令没反应

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基因家族鉴定，利用脚本获取基因的蛋白序列的时候出现如下错误，有的物种获取序列没问题，但是有的物种出现问题，请问老师哪里出了问题

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3 建立进化树

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老师，我的这两个文件里，图片上有5对共线性基因，而pairs里边有4对，这是怎么回事啊

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老师，我共线性出的图没红线，这是怎么回事啊

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5 老师，我在利用circos绘图运行出现这种情况，该怎么处理啊？

  • 2021-12-16 09:06
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老师，我在共线性那步加sudo java ,但是又出现错误，这是怎么回事啊？

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基因家族成员鉴定

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3 建立进化树

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基因家族建树

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老师您好，利用per脚本去除重复的转录本那一步我执行perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt PTR2_domain_new_out_selected.txt PTR2_remove_redundant_IDlist.txt命令之后得到的文件中只有一行，和老师讲的格式完全不一样，如下图，我也截图了我的gff文件您看是因为它的原因吗？不知道该怎么解决了，请求老师指点一下

  • Jc 2021-12-14 21:08
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circos作图

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老师。我在做mcscan时说是打不开这个java，这是怎么回事啊

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老师，我在做这一步是老是显示404not found,这是怎么回事啊

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老师我在做mcscan时，生成AT.blast很长时间都出不来

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老师，您好，我有一个问题不知道怎么解决，想要问您一下 我在学习基因家族分析的课程中，按照课程对WRKY家族分析，最后将WRKY_pep_need_to_confirm.fa文件输入CDD检测时和老师得到的结果不一样，一个domain都没有搜到，用smart搜索结果是和老师做的一样，为什么用CDD搜不到呢？图片中是我搜到的结果，右边框框中都是零，我换了老师做出来的这个文件搜索也是这个结果，这是为什么呢？

  • Jc 2021-12-08 20:03
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docker gene-family image 执行时perl脚本不出现

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老师 我在做共线性分析时配置文件怎么准备啊，share里边空的

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老师，我利用circos做基因共线性绘图时，第一步准备绘图数据文件时为什么生成的两个文件是空的？

  • 2021-11-26 09:11
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5 circos 字体大小与比例问题