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进化树构建

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基因家族成员筛选

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8 基因家族鉴定

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motif 出现以下状况 是不是应减少motif个数 尤其是字母都齐平的这种状况......谢谢解答

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求教PlantCARE网站 打不开，有别的网址吗

  • 2021-02-18 23:54
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5 等位基因的取舍

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我的基因家族有两个结构域，应该怎么操作同时提取两个结构域？

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利用hmmsearch检索出来的蛋白序列太少

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进行基因家族共线性分析的时候，拟南芥的可以提取到蛋白序列，但是另外物种在提取蛋白的的时候，pep.fa文件是空的？最后一节课的解决CDS文件提取不成功的方法不适用此问题

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虚拟机之前一直正常，刚刚卡了，关机后再打开就是这个样子，请问如何解决

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老师好，我想问一下为什么这两个步骤结果对不上，第一个结果里面没有cds的信息。基因文件是在ncbi上下的，步骤也都是按照视频来的。第一次弄不太懂

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各位老师好，我想问一下为什么这两个步骤结果对不上，第一个结果里面没有cds的信息。而第二个都是cds的序列。基因文件是在ncbi上下的

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我在做MCScanX做共线性分析的时候，提取蛋白的文件，出现下面的错误，说是脚本的13行有误，请问怎么修改

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因为现在安装的blast+的版本太高，所以里面没有blastall这个，那基因家族分析中共线性分析的下面这个用到的命令，怎么修改成blastp或者blastn的脚本方式

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5 想请教各位老师在串联重复分析时有碰到类似的情况吗？初次接触不知道该如何调整是好。

  • 2021-02-01 13:31
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请问老师有Mcscan分析时用到的get_gene_position.pl文件吗

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5 求蛋白家族的进化聚类分析详细方案

  • 2021-02-01 00:03
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20 请问老师有Mcscan分析时用到的get_gene_position.pl文件吗

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MEME就运行脚本的时候，其中的maxsize 指最大输入文件的字符数，maximum dataset size in characters，这个是指多少b吗，6000000是指文件最大6M，单位是什么？时间的最大值单位是秒吧？，motif的个数最小长度一般是多少？有什么参考的吗，最大长度是多少，这个长度的单位是什么，多少b，还是多少kb？

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docker Hub中的bio-linux镜像和 gene family 镜像有什么区别