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老师您好，我在做mcscanx共线性分析基因家族加倍实操课程时，安装mcscanx报错

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基因家族结构域及基因家族长度问题

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5 请问MEME软件如何确定motif个数？？应该设置几个呢？查文献查不到，没有这个物种

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5 基于转录组做了基因家族分析，结果基因组出来了，数据未公布，这个还可以再用吗？

  • 2021-01-19 02:25
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老师你好，我在紫花苜蓿的全基因组数据库中通过Blast比对得到76个WOX家族基因，这76个基因的序列都是不同的，但有的很相似，可能是同源基因，用不用去冗余

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老师好，我的structure分析输出为空的，下面是我的基因组gff文件基因的id名字后面还有外显子内含子等等 get_gene_exon_from_gff.pl

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提取蛋白序列报错

  • 荣 2021-01-13 21:26
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在基因家族分析过程中，确定结构域的时候发现一个算是该基因超家族但不是该基因家族的成员，那这个算是该基因家族的成员吗

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老师好，想问下将蛋白质序列提交的MEME在线软件后，几天后为什么没有结果啊?显示工作已完成，却没有结果，谢谢

  • ljx 2021-01-11 12:46
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5 基因家族分析

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比较基因组学分析时报错，无法生成 anchors文件

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脚本参数--minsize=0 --minspan=30

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5 老师您好，文件共享挂载出现错误应该怎么解决呢？

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基因家族分析，用CDD确认结构域的时候，根据统计的表格，怎么找到那些未匹配到相应结构域的基因或者序列是哪个？

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在基因家族分析的时候，结构域的筛选E-value值的时候，选取小于0.0001，运行命令，结果中并没有排除掉一些大于该值的序列，3.4e-05到底等于多少，是3.4乘以e的-5次方还是3.4e的10的-5次方

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利用Linux制作circos配置文件时，result文件无数据

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请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。只有一部对比上的，到底如何取舍呢？这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

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基因组间共线性分析

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请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

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植物的MADS-box基因家族