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kaks计算

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基因组比对

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6 基因家族分析 处理GFF 文件里面ID不对应，该怎么处理

  • Leo 2020-08-21 16:34
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KAKS计算

  • 荣 2020-08-21 01:28
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利用gff文件提取基因结构，结果文件是空的

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老师你好，我做的是野生稻，栽培稻的某个基因家族对比分析，如果在进行共线性分析时，我要不要选取一个中间物种，比如拟南芥，然后分别与拟南芥绘制两个共线性图谱分析，还是就拿野生稻和栽培稻绘制一个图谱进行共线性分析好呢？

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利用gff文件提取基因结构，结果文件是空的

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绘图命令报错，layout文件也没有空行，请问老师是什么问题呢？/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype --format=pdf --figsize=15×5 mcscan_seqid.txt mcscan_layout.txt

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做基因家族的表达分析，有几个基因没有表达数据，该怎么处理，画热图的时候是建议不展示这几个没有表达数据的基因，还是把这些没有表达数据的基因用0表示

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老师你好！用拟南芥和目标物种的bhlh基因家族成员建树，进化树构建过程中，提示在检验的时候有几条序列失败了，这样构的树可以用么

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运行/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog RUF SAT --cscore=0.7这个命令时出现错误，怎么解决……

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老师，下图是我的gff，文件，看着和您在视频讲的不一样，是不是需要转化一下格式，或者修改一下脚本？

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利用gff文件提取基因结构时，运行完程序，遇到如图所示的问题，老师能给解答一下吗？下面图使用老师视频中拟南芥中的数据做的，结果如图

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利用gff文件提取基因结构时，运行完程序，遇到如图所示的问题，老师能给解答一下吗？

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老师，用GSDS２.０把基因结构和保守基序绘在同一张图里（像下面那张图一样），“Gene Features （基因位置信息）”和“Other Features to Display (保守基序)”需要以什么样的格式输入呢？

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比较基因组学共线性

  • 荣 2020-08-15 14:30
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我购买了你们基因家族分析的视频，但是看不太懂，有更详细的共线性分析配置文件的准备吗？

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比较基因组学共线性分析

  • 荣 2020-08-15 01:55
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mcscan共线性分析

  • 荣 2020-08-14 23:19
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老师，比如说我要做两个物种基因家族的对比分析，那我要不要选一个中间物种与这两个构建成一个进化树进行对比？