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5 提取保守结构域

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kaks计算

  • 荣 2020-08-12 10:37
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老师，像下面这种同一位置有两种顺式作用元件的情况(两种元件全部或部分重叠)，是取矩阵得分高的那1个吗？

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请问一下在做mcscan分析的时候pep.fa文件里只有3w多条蛋白序列，后面得到的AT.collinearity文件里显示9w多基因是什么意思啊？

  • 荣 2020-08-10 12:50
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基因家族分析Mcscan分析时，无法提取蛋白序列。

  • 荣 2020-08-07 09:56
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老师您好! 我用get_gene_gff.pl提取基因在染色体上的位置信息时，得到的结果文件没有第一列基因ID，并且数量多出来了好几千，我的基因只有一百多个，请问老师这种该怎么处理呀? 我改了ID=gene为ID=也一样没有用

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老师您好! 我用samtools faidx获取染色体长度时有一个segmentation default 报错，老师让我看看是不是文件里的序列长度不一致，请问老师具体该怎么处理呀? 我用软件打开基因组文件看了一下，但看不懂。

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在做MCScanX分析时出现exception in thread main java lang是怎么回事？

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您好老师，我用get_gene_gff.pl提取的基因位置文件gene_chr.txt没有第一列基因ID，并且数量对不上，我只有一百多个基因，它提出了几千条信息，请问这种怎么处理呀？

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老师您好！我在用samtools获取染色体长度时报错，可能原因时Contig1中的序列长度不一致，这种具体该怎么处理呀？我看了它的序列是图上这种样子的

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老师，做共线性分析的时候，遇到下面这种情况，是需要什么脚本吗？

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老师，共线性分析可以全部用蛋白ID做吗？因为我看视频里面做拟南芥的组内共线性都是用的基因ID

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老师您好! 我在用samtools获取染色体长度时有一个different line length in sequence contig1报错，请问怎么处理啊

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请问smart可以批量下载蛋白质ID吗？？？

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5 blast建库比对

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请问在MEGA7.0中出现这种问题该怎么解决？ No common sites found

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在做MCScan出现了一下问题，求解

  • bobo 2020-07-28 19:08
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报了基因家族鉴定的课，之前装ova的时候用的是官网的，但是很多软件没有。现在想重新装一下课程提供的含软件的ova。请问应该如何处理？

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请问各位老师，E-value（e值）设定的根据是什么？对结构域筛选影响很大吗？

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老师，我照着视频里的指令输入的，但报错了，请问有什么解决方法吗？