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在进行共线性分析时，输入/biosoft/MCScanX/mcscanX/MCScanX mcscan/Put，提示说找不到文件，怎么回事，求解

  • bobo 2020-07-25 22:03
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为什么smart输出结果只是文本没有图呢

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老师，用MEGA构建进化树时，是删掉每个序列的所有gap，还是在删除gap的同时要保证各序列对齐？像下面这种情况，删不删除该区段的gap呢？

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您好，我没有混用脚本啊，可是这个报错我也看不懂，求教

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老师，CDD搜索鉴定结构域，对于命中类型是superfamily的基因，怎么判断它属不属于该家族呢？麻烦老师了

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阈值太大怎么办

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找不到ID对应的蛋白质序列，，，，怎么办

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红框之内的就是我的问题所在，请您看看，谢谢！

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请问下列这个是报错了吗？这是一个通过id提取蛋白质序列的脚本

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像藻类这种低级生物，基因家族怎样才能找的更全面？

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基因家族分析，通过blast方法只提取出了五个蛋白质序列怎么办？

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为什么提取出来的蛋白质ID，通过Perl脚本找不到它的序列呢？

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老师，如果用CDD(Batch CD-Search)搜索鉴定，出现这种情况，通常是什么原因？

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10 MCScanX制作pep.fa出现错误，请问怎么解决

  • 2020-07-22 19:09
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我用MCScan跑的染色体共线性图结果中，只显示出两条染色体，大部分用一个数线表示是什么意思呢，求救大神~~

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5 进行基因家族成员鉴定的时候，是不是在hmmsearch搜索后，只要用CDD或Pfam鉴定出含有该基因家族的保守结构域，就可以认为该基因属于这个家族吗？

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图中的用蛋白分子量筛选，那个蛋白分子量的筛选范围是所有基因家族通用的，还是仅限于Hsp20基因家族

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老师，建立hmmbuild模型后，再用hmmsearch搜索，搜索结果比第一次的还多的情况是正常的吗？

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5 我想问一下，对于MADS-box这种辅助域的Pfam号和DNA-binding的Pfam号不同的基因家族，做成员鉴定的时候，需要下2个种子序列不？

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顺势作用原件功能评估

  • 大k 2020-07-15 11:12