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MCScanX中的layout 文件的y列

  • Iron 2020-05-21 15:19
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docker镜像

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提取基因在染色体位置时发现gff3文件中的染色体编号不好理解。疑惑。

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用MCScanX分析没有得到tandem文件

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在用tbtools做进化树+motif+结构图，出现这样的错误

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找不到kaks分析的文件

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老师！我想要以拟南芥中对应的同源基因对目标物种BHLH基因家族中的基因进行命名 遇到这种情况我该怎样选择目标序列呢？

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用linux绘制circos图出现问题

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老师 基因在染色体上如何定位 详细的 之前的软件不能用了

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查找共线性基因的问题

  • 2020-05-14 13:25
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老师，我想问一下Evolview美化导入进化树的时候，它自动把bootstrap值低的分支给砍了，怎么设置可以保存原本的树，再进行美化呢？

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你好，我在利用虚拟机做hmmersearch时遇见这种问题，该如何解决

2 解决

MCScan(jcvi) 生成anchors文件大小为0

  • 2020-05-12 13:37
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老师，可以出一个顺式作用元件提取时基因组太大，把基因组拆分成不同染色体的代码吗？

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物种基因组只有scaffold水平，可以做染色体分析吗

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老师，您好。我想请问为什么我在NCBI搜某一基因mRNA和蛋白质序列，点击NM和NP他们属于不同家族呢？

  • 2020-05-11 13:24
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基因家族分析Ka/Ks时，在把aln文件转换成axt文件时，运行Linux命令遇到no such file or directory该怎么解决

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共线性分析之前提取的蛋白质序列为空。如何解决？

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老师你好，我是从NCBI下载的GFF文件，在做基因结构分析的时候，UTR没有标注，只能提取出来CDS区域，请问如何添加UTR区呢？

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请教：基因结构分析时，输出的gene_exon_info.gff文件为空。该如何解决？