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求助大佬，想做基因家族分析，目标物种在网上只有三个组装的基因组，JGI上和NCBI其中一个都没有组装到染色体层面，NCBI另一个组装到染色体了，但是没有gff文件和蛋白序列，这种情况应该怎么办？不能做与染色体位置有关的分析了吗？

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请问老师用转录组分析得出的FPKM值做基因家族的基因表达量热图可以吗？

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KAKS格式转换

  • Li 2020-03-02 19:20
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你好，安装好Linux系统后，请问提取氨基酸序列的domain_xulie 的Perl脚本在哪里？

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老师，你好，安装好Linux系统后，请问提取氨基酸序列的domain_xulie 的Perl脚本在哪里？在script里没有找到该脚本。

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请问老师用McscanX做基因组内共线性分析，在准备family.ctl文件时，对染色体编号有撒要求没，我的染色体编号中还有chrA01,chrC01，以及chrA01_random,以及 chrAnn_random，我看有人说染色体编号只能有2个字母加数字，谢谢！

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老师，做基因组内共共共线性分析出现这种错误的原因是撒原因？

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老师，我在做hummer搜索时，输入hmmsearch --domtblout ACTS_hmm_out.txt --cut_tc ACTS.hmm proteins.fasta后，

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5 老师您好，我想请问一下，通过分析找到的基因家族成员在NCBI上都是预测基因，继续分析没有问题吗

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基因家族分析已经确定是哪个家族之后，找不到pfam号该怎么办？

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保守结构域进化树

  • Li 2020-02-28 00:16
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bio-linux中用hmmsearch遇到问题

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重新挂载显示不出文件

  • Li 2020-02-26 10:19
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请问老师2个基因家族得ID怎么在一个共线性绘图里面表示出来，就像这样得图。

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10 老师我想问一下用circos绘制基因组内共线性图时，config2.txt文件中的目标基因link.txt部分怎么更改才能使目标基因在图上的字体放大并且设置斜体？如下图：

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比较基因组学报错，如下图

  • dec. 2020-02-23 19:31
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mcscan作图时，染色体片段比较小，显示不出来怎么办？？请教

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5 mcscan_layout参数都是有关什么呢？求教

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老师，您好！我在进行基因家族的分析时，在利用.aln文件获得新的hmm文件后，利用新的hmm进行hmmsearch，得到的新的domain.txt中我的目的基因的E-value的值已经达到2.2，是不是可以说明我的目的基因不属于我现在分析的这个家族？

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请问老师我在MAFFT上构建进化树，结果是This is a Neighbour-joining tree without distance corrections。