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不同物种之间的共线性分析

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如何针对没有基因组，只有无参转录组数据，鉴定筛选一个基因的家族成员并进行分析

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5 基因组立调出来序列与NCBI上下载序列有差别

  • ollo 2019-09-12 20:44
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关于基因家族共线性分析：MCScanX和circos都可以做共线性分析，有区别吗

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基因家族鉴定问题

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5 两个物种circos

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我想请问：我做家族共鉴定出42 个基因 ，我要做荧光定量，依据什么可以筛一部分基因，我觉得42 个太多了，我还有时期和处理。我没有测转录组。

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5 保守结构域

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基因家族问题 追问

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蛋白序列搜索

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如何将mRNA的ID和gene ID弄成一样的，就像拟南芥那样，要不然再往下做的话提取出来的都是PNT这种ID,谢谢

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5 mRNA和gene ID不一致如何进行修改

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获得共线性圈图时出错

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基因家族基因组内共线性分析时，鉴定到5对大片段复制基因，为啥在圈图里只有4条红线？

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比较基因组共线性分析

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解压基因组文件和gff3遇到问题

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Meme搜索蛋白motif网页结果显示与TB-tools打开.xlm文件的不一致

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如果没有pfam号，文献中只有conserved domain号，如cd00325，怎么下载（如pfam的那样的文件）这个保守结构域的序列？（如pfam的那样的文件）

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5 基因家族

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5 我构建了Di19基因家族成员的圆形的进化树，里面包括拟南芥、玉米、水稻和甘蔗的，之后该如何进行亚群分类，查过之前的文献没有找到