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5 进化树构建模型的区别

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5 请问老师，基因家族里面筛选到很多对重复基因，那么kaks计算只能一对一对进行吗？准备文件也要一对一对分开准备吗？我把所有重复基因的序列号全部沾到dupid里面是不是不行的？上课的例子只筛选到了一对WRKY基因。谢谢解答。

  • LILA 2019-06-13 00:16
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5 MCscan运行问题：ZeroDivisionError: float division by zero

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5 问下在做基因家族进化树时，建的树bootstrap好多为0，这对发文章数据影响吗？还有要怎么分析解释呢

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5 老师好！做比较基因组分析时/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH OEH --cscore=0.7 报错

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10 章节1课时6，获取蛋白质序列以及提取1.5kb的DNA序列之前时总是不对，全是~~~~~~一行一个，不知道问题出在了哪里。还望有知道的能指点下。如下图

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5 按照课程中用MEGA建树时，一直建不成功

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顺势作用元件绘图时，图片有问题。基因id排列顺序乱

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小麦或单子叶植物的突变速率r

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关于基因上游顺势作用原件的分析及绘图操作步骤

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5 如果做想做基因家族分析，需要依据哪些基本原则？

  • 2019-05-24 15:53
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10 求助，如何获取基因与mRNA的对应关系？

  • TonY 2019-05-23 16:16
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5 用hmmer提取物种结构域时,结构域文件是空的

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hmmer网站搜索蛋白序列中的结构域，得到几个domain，但是序列范围重叠。

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请问有没有鉴定CC结构域的paircoil2的脚本或者什么方法鉴定CC结构域

  • 2019-05-23 09:29
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在基因家族分析构建时出现没有共同的位点的现象，构建不了进化树

  • 2019-05-21 22:01
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在计算KaKS时，发现分别有两个基因出现BUG,not squal,然后换成phy，不能转换成axt和转换后在计算时依然出现not equal的现象求解，结果文件肯定也是空的

  • 2019-05-21 21:25
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5 请问一下，自己找关于基因家族分析的课题有什么注意事项，找家族基因有什么要求？怎样防止和别的文章研究的家族基因相同？

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老师好，在基因家族分析circos制图时，老师的文件是拟南芥的5条染色体，我的物种有9条染色体，请问这个文件需要怎么修改？

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基因家族课堂中circos美化图片课程中，有一个colline_v2.pl，请问下这个脚本在哪？我从第一节课看到后面都没找到。