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5 共线性分析

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5 MCSCANX共线性图代码报错,看了其他提问和回答没能解决。

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gfff文件的具体意义

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基因结构

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5 如果研究的基因家族没有已知的结构域domain怎么办？

  • 2019-01-23 18:04
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10 为什么我按照其他文献中确定的基因下载下来的基因家族，把这些在序列比对，没有他文章中比对的那么整齐呢，都是相同的基因ID,比对方法也一样，我构建进化树的时候，是按照其他文献中确定的基因直接下载下来和我研究的一块构建吗，还是另有其他的方法

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如何解决meme-v4.12.0软件下载

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5 老师，Blastall 报错的问题

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老师，最近绘制染色体位置的软件都下载不下来了，MapGene2Chrom web v2也用不了，怎么办呢，老师您这里有MapChart的安装包吗？或者还有别的什么方法吗

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5 ORF (bp) ，domain starteend，Sub-cellular localization和No. of introns怎么找

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5 clean_result结果是空的

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老师，一般在鉴定基因家族成员时，成员最少为多少个就可以做家族分析，还是不管多少个都可以做，我想着少于5个的话是不是做出来的那些图就不太好看了，就不适合做了

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关于circos图绘制问题

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基因家族的成员选择

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老师，我想请教一下，在鉴定基因家族成员时，如果此类基因家族的典型结构域有三个比如说A,B,C，我看文献上已鉴定出来的此类家族一般成员同时含A，B，C;或者含A，B;或者B，C就说明是属于这个基因家族的，但是鉴定的时候有时候会出现A，B，D这种情况应该怎么办呢，因为出现了别的结构域D

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老师我想问一下，在鉴定基因家族成员时，可以有什么方法知道成员大概有多少个吗？还是我们自己不知道，但是发文章的时候审稿人知道

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http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/ 总是打不开

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请问老师如果在一个物种中鉴定了一个家族的蛋白，但这个家族有两个亚家族，亚家族的结构域又有很大的相似性，那该怎样将鉴定到的蛋白分类呢？谢谢解答

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5 老师，我用的拟南芥示例文件，完全按照老师讲解的步骤，但是在新构建.hmm文件后，再用hmmsearch搜索家族成员时报错是怎么回事？

  • liu 2019-01-13 21:34
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一个基因家族中的每个基因有多个转录本，如何取舍？