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5 clean_result结果是空的

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老师，一般在鉴定基因家族成员时，成员最少为多少个就可以做家族分析，还是不管多少个都可以做，我想着少于5个的话是不是做出来的那些图就不太好看了，就不适合做了

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关于circos图绘制问题

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基因家族的成员选择

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老师，我想请教一下，在鉴定基因家族成员时，如果此类基因家族的典型结构域有三个比如说A,B,C，我看文献上已鉴定出来的此类家族一般成员同时含A，B，C;或者含A，B;或者B，C就说明是属于这个基因家族的，但是鉴定的时候有时候会出现A，B，D这种情况应该怎么办呢，因为出现了别的结构域D

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老师我想问一下，在鉴定基因家族成员时，可以有什么方法知道成员大概有多少个吗？还是我们自己不知道，但是发文章的时候审稿人知道

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http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/ 总是打不开

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请问老师如果在一个物种中鉴定了一个家族的蛋白，但这个家族有两个亚家族，亚家族的结构域又有很大的相似性，那该怎样将鉴定到的蛋白分类呢？谢谢解答

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5 老师，我用的拟南芥示例文件，完全按照老师讲解的步骤，但是在新构建.hmm文件后，再用hmmsearch搜索家族成员时报错是怎么回事？

  • liu 2019-01-13 21:34
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一个基因家族中的每个基因有多个转录本，如何取舍？

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5 老师你好，我想问下，在做基因家族分析时，我的无参转录本里的unigene是核苷酸序列，不是蛋白质序列，这种情况应该怎么办呢？

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5 你好，请问你是做无参转录组基因家族分析吗？我想请问下，你做基因家族成员鉴定时，用的哪个文件，我看到那个课程里用的是蛋白质序列，但是我的转录本unigene里面是核苷酸序列，请问你是用什么文件做的基因家族成员鉴定呢？

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8 氨基酸序列比对之后，gaps太多，mega一直出错，删除之后依然如此，如何很好构建系统发育树

  • 2019-01-11 23:02
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5 老师好，在基因家族分析课程视频里，鉴定基因家族成员时，里面实操用的是基因组的蛋白质序列（pep文件），然而我自己的实验数据是无参转录组，我想问下，我应该用什么文件来鉴定基因家族成员呢？我看到之前有类似问题的答案是unigene或者蛋白质序列，两者有什么区别呢？

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基因结构分析

  • 2019-01-11 11:08
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基因家族全基因组文件如何选择？条目太多，不知哪个是教学中讲解的protein.all文件/cds.all文件/cdna.all文件？还望老师讲解一下每个文件中具体包含的是哪些信息？衷心感谢！

  • Tong 2019-01-10 21:12
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3 我用CIRCOS画图，文字标签叠加了要怎么弄到同一水平？

  • 2019-01-09 17:12
1 解决

5 利用蛋白ID获取基因ID时 所获得文件少一列

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5 关于基因家族中的串联重复基因的删选、Ka/Ks的计算、串联重复基因Circose图的分析有相关的文献吗？

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hmm搜索到的基因特别多怎么办？E值选择有什么样的要求