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5 老师你好，我想问下，在做基因家族分析时，我的无参转录本里的unigene是核苷酸序列，不是蛋白质序列，这种情况应该怎么办呢？

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5 你好，请问你是做无参转录组基因家族分析吗？我想请问下，你做基因家族成员鉴定时，用的哪个文件，我看到那个课程里用的是蛋白质序列，但是我的转录本unigene里面是核苷酸序列，请问你是用什么文件做的基因家族成员鉴定呢？

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8 氨基酸序列比对之后，gaps太多，mega一直出错，删除之后依然如此，如何很好构建系统发育树

  • 2019-01-11 23:02
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5 老师好，在基因家族分析课程视频里，鉴定基因家族成员时，里面实操用的是基因组的蛋白质序列（pep文件），然而我自己的实验数据是无参转录组，我想问下，我应该用什么文件来鉴定基因家族成员呢？我看到之前有类似问题的答案是unigene或者蛋白质序列，两者有什么区别呢？

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基因结构分析

  • 2019-01-11 11:08
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基因家族全基因组文件如何选择？条目太多，不知哪个是教学中讲解的protein.all文件/cds.all文件/cdna.all文件？还望老师讲解一下每个文件中具体包含的是哪些信息？衷心感谢！

  • Tong 2019-01-10 21:12
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3 我用CIRCOS画图，文字标签叠加了要怎么弄到同一水平？

  • 2019-01-09 17:12
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5 利用蛋白ID获取基因ID时 所获得文件少一列

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5 关于基因家族中的串联重复基因的删选、Ka/Ks的计算、串联重复基因Circose图的分析有相关的文献吗？

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hmm搜索到的基因特别多怎么办？E值选择有什么样的要求

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输入绘制circos图时出现错误

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老师，我在用比较基因组学方法做两个物种之间的共线性分析时，是可以筛到某一种基因家族在两个物种中对应的共线性的，但是用下面这种方法做是做不出来某一基因家族在两物种之间的共线性关系的

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计算串联重复基因的KA/KS出现以下问题

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老师，我在看菠萝的WRKY基因家族分析时，在看到基因组间共线性分析时有个词orthologous pairs不懂是指啥意思，原本我以为指的是红线菠萝WRKY基因家族，但是貌似不是这样的，请老师指点迷津

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预测基因顺式作用元件，提取序列失败

  • 2018-12-29 21:39
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串联重复基因分析

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基因家族分析课时20 比较基因组学分析最后一步生成图片时出现这个错误，无法生成图片

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老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 最后生成的图有9个染色体无法生成对比

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5 基因家族成员如何取舍，命名？如何查找外显子和内含子结构？

1 解决

老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 在/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Zj --cscore=0.7这一步出错，换下一个物种生成anchors文件为空，请老师指点