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老师，你好。在做有参转录组分析，准备的文件有基因组注释文件gtf,cds,pep(其中cds,pep都是fasta格式的序列文件），命令如下。其中第一个截图是参考pep文件，比对率为0，；第二个结果是参考cds文件，比对率为57.81%，比较低，这是哪里出了问题吗。另外所以准备的文件应该是cds文件而不是pep文件是吗

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老师，您好，我是在做有参转录组分析。在对基因组构建HISAT index时，所产生的splicesites.tsv，exons.tsv文件大小为0，但是并没有报错，请问这是什么原因呀，命令如下

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想请教老师热图里的Row-z-score和Column-z-score分别是如何计算。我的数据热图用Row-z-score画完结果显示与实际数值不大对，选column好像才对。

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RNA-seq分析建立基因组index遇到问题

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老师，请问下非编码RNA（miRNA）的启动子如何获得呀？

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各位大神，为什么我在BioMart里提交GO号之后一直下载不了基因的启动子序列？一直显示网络错误，我已经买了服务器，谷歌，youtube都能上，帮帮忙

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转录组问题

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转录组问题

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5 用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so reverse-determinize...”

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大家好，请问箱线图怎么分析

  • 2019-11-01 15:05
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十折交叉验证是啥意思

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GFF文件解释

  • 2019-10-25 11:06
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老师您好，我有个问题想请教您，就是以您看的文献来说，您觉得有转录因子调控CDPK激酶的文献，就是说转录因子可以和CDPK激酶的启动子结合的例子吗？因为我用某个CDPK酵母双杂交筛到了一个转录因子，现在不确定到底是这个转录因子结合了CDPK的启动子，还是这个CDPK激酶对这个转录因子磷酸化，对于它们的上下游关系我还不是太明白，是不是用CDPK筛到的转录因子就说明了什么关系呢它们之间

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请问如何根据已有转录组预测转录因子的靶基因？

  • 2019-10-23 18:21
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转录组中count值为什么要经过标准化，计算FPKM值来表示表达量？

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转录组数据里的count值是指什么？

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转录组差异分析里GO注释的图怎么看的？

  • 2019-10-21 11:04
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老师您好，我想问一下在做基因家族成员在植物各个组织器官中的表达量时（qPCR），一般是以哪一个器官为对照呢？是随意选的吗?我看有的文献是以根，有的是以茎的为对照，这是如何确定的呢

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我想参加10月北京转录组的培训，我是吉林农业大学的学生，咨询你们说没有长春的培训计划，请问外地去培训能不能给些优惠?比如打折或者联系便宜点的住宿

  • DC 2019-10-15 10:11
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差异基因数量太多，通过GO富集分析筛选一部分，再进行蛋白互作，可行吗？