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cytoscape绘图问题

1 解决

20 无参转录组使用kobas进行KEGG分析的时候，应该选择什么物种？

  • 2019-10-10 17:57
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请问GO富集文件gene2go和go2gene之间怎么转换？

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老师好，我想问一下，RSEM、FPKM和TPM是一个什么样的关系呢？reads count又有怎样的用途，与前面三个有关系吗？有一篇paper中说，The RNA-Seq by Expectation–Maximization (RSEM) expression values were used for statistical analysis.这是说统计学分析需要用RSEM标准化处理后才能进行吗？

  • QQ 2019-10-04 10:44
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无参转录组怎么分析？

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GO层级整理

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无参转录组比对达到多少。认可为相应基因？

  • yc 2019-09-28 16:07
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您好，我在数据库中搜索到了某个物种基因组测序的SRA序列，但没有注释。请问，我可以把它下载下来，就某一个基因家族序列进行注释吗？

  • yc 2019-09-28 16:06
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Trimmomatic软件可不可以去除hiseq4000的接头

  • 2019-09-28 14:42
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老师，你好。在做有参转录组分析，转录本基因表达量出来之后，发现里面找不到我期待的同源基因（ID)，不过里面发现了好多MSTRG.这样的ID，问题是这些ID在我的注释文件里根本没有，详细情况如下

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10 大佬们，想咨询个问题，如何从公司测回来的转录组数据找出自己想要的某个功能的差异基因呀？

  • 2019-09-26 14:19
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请问老师转录因子数据库，PlantTFDB为撒进不去啊，撒原因

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5 转录组的差异基因的注释

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KEGG通路图解释

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老师，我想做个转录测序然后进行一些分析实验，我想问一下我应该选哪个转录组课程啊？

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请问学习过有参转录组学的报告与解读，现在又做了无参分析，有必要再学一下无参转录组学的课程嘛？两者的分析区别大嘛？

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我做有参转录组数据分析，一共有30个样，每个样有3个重复。在做比对这一步时，我发现30个样中，有两个样，它们各有一个重复的比对率只有50％，而其他的样比对率均有80％以上，请问这样会对实验结果有影响吗？

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hisat2 reads 与基因组进行比对出错

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5 如何找到差异基因的整体通路以及实现可视化？

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转录组基因表达差异分析分组问题，我是有3个样品数据，如下分别是Carambola_K007-01-T01（花序），Carambola_K007-01-T02（花苞），Carambola_K007-01-T01（叶），该如何分组呢