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5 老师！求解答！在TCGA数据基因ID转换中出错！!

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R语言首次调用gdc-client，下载失败

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计算每一个单因素cox分析，lapply函数，好久都没有反应，怎么看进度啊，要等多久啊？

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R怎样读取下载好了的TCGA数据

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老师，您好，找不到临床数据该如何解决？

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老师，在下载过程中一晚上不加载了，请问如何解决？

  • 2020-06-30 07:20
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老师，请问sample type出现这种情况怎么解决，麻烦老师解惑一下，谢谢啦。

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下载甲基化数据时找不到样本类型，

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TCGA的甲基化矩阵，是否需要使用normalizeBetweenArrays标准化处理？

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老师您好，我用您线下课给的TCGA生存分析cox模型代码时，在外部验证时，外部验证的数据集整体表达水平偏高，会不会导致risk值整体偏高，那么cut_value怎么去确定呢？进而分为高低风险组呢？

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聚类分析后，癌症组织和癌旁组织穿插在一起

  • 2020-05-16 09:13
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TCGAcount数据处理

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如何将TCGA中下载的CNV数据：GDC_Aliquot转为Hugo_Symbol, Segment_Mean转变为拷贝数变异的5个离散值（0：无变化 1：拷贝数增加 2：高水平扩增 -2：纯合性缺失 -1：半合子缺失）。如下图所示

  • momo 2020-05-12 16:39
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50 TCGAbiolinks GDCprepare使用问题 提示找不到文件？

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请问我按照TCGA 生存分析教程做的森林图，发现与COX多因素的结果不一致。比如说mic-320b-1，在多因素中p<0.05；而在森林图中，P>0.05，HR值跨过了1。怎么理解森林图的结果与COX不一致？谢谢

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求解TCGA生存分析 数据分集createDataPartition错误

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请教TCGA差异表达分析分组问题

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医学癌症TCGA-生存分析课程相关问题-表达数据cpm计算log标准化后数据为什么变成了负值？

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uscs xena

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TCGA癌症-基因表达差异分析