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WGCNA分析中模块与性状正负相关性的意思？

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5 请问一下，就做了一个转录组测序，样本是不同的组织，能否用WGCNA分析分析，写个文章？

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去除异常样本的标准

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5 WGCNA的样品不少于15个，15个样品考虑重复吗？

  • 2018-10-22 19:22
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Rstudio进行WGCNA分析时无法输出GS和MM值表格，无法输出cytoscape nodes edges文件

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WGCNA分析没有给出powerEstimate，如何选择power值/β值？

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Rstudio读不出文件中的数据

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在Rstudio中进行样品聚类，在plots中图片显示不出来

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5 在Rstudio安装WGCNA数据包时有程辑包不能获得，直接输入了> install.packages("WGCNA")代码下载的。文中有图

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老师，请问一下我在进行WGCNA分析时，将原始数据的基因顺序打乱后，分析得到的关键基因就变了，请问一下这是怎么回事啊？

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5 WGCNA分析过程中做样品聚类树与形状热图时遇到问题

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在WGCNA分析中，利用动态剪枝法划分模块后，通过剪枝高度合并模块，发现某一模块基因大量增多，这可能是这一些模块相似性太高了，我想可不可以不进行模块合并，直接进行后面与模块进行关联

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WGCNA分析中，模块与性状的显著性关系图和后面模块成员关系与基因显著性的图有联系么？

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数据格式发生变化

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请问wgcna怎么获得模块hub基因与该性状数据的相关性

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5 请问一下，我按照问题社区里面的一个问题http://www.omicsclass.com/question/134 进行Hub基因筛选，为什么每个模块只出来一个基因？

  • 2018-09-18 18:30
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基因数目较少，做wgcna是否有意义?

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WGCNA分析剪切高度怎么来确定？

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请问，有些文献中，给出的KME值，在WGCNA教程中，生成的"10_GS_and_MM.xls"文件中，哪个和它是对应的？比如下图所示。文献链接如下：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5429000/

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5 请问一下，当用时期作为表型数据时，文件该是什么格式？行和列各怎么赋值，还有就是重复间要不要区分？