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测序数据合并后只有一个fastq文件如何export为全局变量

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PSMC出图报错

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在singularity中复现遗传进化中数据过滤时出现以下信息导致clean.vcf.gz大小不符合demo

  • WHR 2024-03-04 16:56
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做psmc的时候，显示没有这个get_fa_by_id.pl

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SNP变异注释的时候，报错。结果文件UTR5 UTR3栏也是空的

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我在进行变异结果质控过滤，去掉低质量的变异结果发现我材料的变异结果都是0

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运行eggnog_stat.r报错

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请问老师怎么获得这个gff3_file_to_proteins.pl脚本来着？

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老师好，基因家族聚类结果怎么统计每个物种这两种情况的基因数量啊，multi_ortholog:该家族在所有物种均存在，且至少在1个物种中的成员数大于等于2个；other_ortholog:该家族在至少两个物种中存在，且至少在一个物种不存在；

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请问我把命令放后台，然后电脑关机想第二天在做的话，命令可以在后台一直继续分析吗

  • 李 2023-12-08 16:42
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Error running system command: </biosoft/annovar/2018Apr16/table_annovar.pl /work/my_reseq/5.var_ann/snp.avinput /work/my_reseq/ref -buildver unknown -outfile /work/my_reseq/5.var_ann/snp -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -otherinfo>

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如何确定选择分析中的窗口和步长？

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老师运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的，这怎么解决呀

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老师，我分析的物种是6倍体，参数需要变动嘛？

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survey图

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LDdecay衰减距离如何确定？

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请问老师，串联复制基因对在染色体上之间有别的成员有问题吗，如下图，标记的两个基因是一对，我核对了基因位置应该不是数据出错了

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请问那个马尔科夫模型不让下载怎么办

  • 李 2023-11-20 13:46
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请问在用MapChart作图是出现了这样的问题

  • 李 2023-11-21 14:55
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群体结构分析