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老师，您好，我是在做有参转录组分析。在对基因组构建HISAT index时，所产生的splicesites.tsv，exons.tsv文件大小为0，但是并没有报错，请问这是什么原因呀，命令如下

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下载COAD数据提示列不一致保存不成功

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基因家族分析时获取基因与mRNA的对应关系

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circos图画共线性图时，因为家族的基因很多有50+,如何让所有的基因名称都显示在外圈。现在只是部分显示，有的基因挨得太近显示不出来。怎么办。

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共线性分析 视频介绍的不详细

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老师，请问热图数据可以行列同时标准化吗，还是只能行/列一者标准化，麻烦老师。

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甲基化多因素分析前 beta值的转换

  • YUE 2019-12-02 13:47
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20 TCGA数据下载完成后，运行prepare代码进行数据整理时，Rstudio总是白屏死机，怎么办？是电脑配制不够吗？

  • 2019-12-01 16:34
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5 染色体位置，导出之后是空文件

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8 MCSCANX分析和串联重复分析

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如何使用Staden Package进行线粒体基因组分析

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5 根据单拷贝基因家族建的树与预期不符，拟南芥跟杨树聚到了一起 ，老师知道是什么原因造成的嘛，或者怎么解释呢

  • yuri 2019-11-29 14:04
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gff文件里的geneID和CDS,蛋白质里的对不上，下载了好多版本都这样，有什么办法处理一下吗？

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计算KAKS报错，本来想通过多序列比对时修改，但是多序列比对软件自己运行，没有办法选择。

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求救 为什么我删掉：前的为了与蛋白一致，可不显示转录本信息呢，是我删错了吗，应该删除哪个？

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MEGA7.0

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我在构建进化树的时候，分类依据是拟南芥的分类和进化树本身的特点，但发现有的成员分类错误，采用ML法，校正参数Bootstrap设置为1 000次重复，结果出来后却发现，AtLC10本应该在第二组，AtLC13应该在第三组，但实际的结果恰恰相反，之后我又换了NJ法，结果还是不理想，依然有成员分组混乱，不知道我是哪里做的不对，希望得到指导。（AtLC10:AT5G01190.1,AtLC13:AT5G07130.1）

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老师好！我的物种基因注释水平在scaffold，之前课程里面的思路和脚本是否还适用？我需要有什么注意事项？附有参考文献分析方法和数据。求老师指导。感谢！

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删除哪个？

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想请教老师热图里的Row-z-score和Column-z-score分别是如何计算。我的数据热图用Row-z-score画完结果显示与实际数值不大对，选column好像才对。