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寻找合适做分析的基因家族

  • Iron 2020-03-29 00:07
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plantcare

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老师，请问用megaX做进化树分析时，序列有22个，但是它老是弹出这个页面是怎么回事呢？

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30 docker pull下载镜像出现：error pulling image configuration: received unexpected HTTP status: 500 Internal Server Error

  • 2020-03-28 09:30
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老师，请问我想分析水稻的某个基因家族，可是基因家族数量太大，有190多个，我不知道应该将研究重点放在水稻的这个基因家族上还是说挑出一个group来进行多个物种的进化分析？

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请问，在做WRKY基因家族分析提取结构域序列的时候perl script/domain_xulie.pl WRKY_hmm_out.txt Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa WRKY_domain.fa 1.2e-28；有必要提取第二个domain吗

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老师您好，我看到您的文章里有批量修改序列ID的操作，那Figtree里批量改颜色请问一下需要怎么操作呢？是要写一个怎样的注释文件吗？如果写，那格式是怎样的呢？

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10 KaKs分析结果有三对，mscan分析结果有5对，且这5对中只有 2对和KaKs分析结果一致，为什么会这样？应该怎么取结果？

  • WKJ 2020-03-27 13:06
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共线性

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10 老师，请问一下我在学习基因家族分析课程时，执行perl get_gene_weizhi.pl时，用拟南芥的基因id可以找到它的基因位置，但是用水稻id和gff文件找不到他的位置，这是什么原因

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基因组信息文件内容格式

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10 circo图中基因名称的标签显示不全（可以修改的参数都修改了，总共106个基因，只显示了99个，请问是哪里出了错了？）

  • WKJ 2020-03-26 18:56
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老师您好，在mega中出现这两个问题是什么意思呀

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circo 绘图时基因标签不显示

  • WKJ 2020-03-26 16:40
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50 请问老师，为什么circos绘图基因名称的标签在图中不显示呢？？

  • 2020-03-26 16:31
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将windows中的共享文件夹挂载到linux中时出错，求解决 no such device

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老师您好，我用MEGA7.0做系统进化树的时候，基因ID中有分号，但是不显示，如果在MEGA中修改ID 的话就显示错误。请问应该怎么解决呢

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知道序列，怎么确定它是我们要研究的特定那个基因成员啊，求解

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老师好，我在使用TBtools时出现了一些问题，一些功能无法使用，如gtf sequence extractor，报错如图，不显示下拉选项，换了许多版本也还是存在这个问题

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20 老师您好！用SNPhylo构建系统进化树，该如何输入input file？

  • 2020-03-25 23:26