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5 老师您好，在用mcscan分析之前发现，gff文件里没有gene，只有cds和exon怎么处理？

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5 各位老师好，我在做拟南芥紫色酸性磷酸酶基因家族分析，该家族中有29个相关基因，我通过pfam 数据库关键词搜索得到一个检索号，然后下载后通过hmmsearch 分析，但结果只有25个相关基因，请问是怎么回事？问题出在哪里？

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你好，请问小麦基因组中的Un是不是不能用于串联重复和片段重复分析?谢谢

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请问老师，GFF文件里，好多个蛋白对应的基因高都相同（重复）是怎么回事？如图为筛选后蛋白对应的基因号，起始终止位置倒是不同。这是什么生物学现象吗还是错误

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mcscanX相关问题

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5 clustalw我输入1,回车,结果1被删除,程序不运行,试了无数次都是这样,哪位知道这是为什么呀?谢谢了!检查序列没有重复

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求助大佬笔记本购买相关# 现在用一台五年前笔记本，i5，12G（4+8应该不能组成双通道吧），gtx960显卡，无固态。不是纯生信专业，也就做做基因家族分析和转录组分析，如果不想上台式的话，买什么配置的笔记本体感提升会非常大呢？另外如果买macbook的话普通生物软件全不全？毕竟还要做湿实验

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基因加倍结果

  • Li 2020-03-04 20:16
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插入片段长度是否能反映测序质量？

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高通量测序中经常说的插入片段是指什么？

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急求！！！apple MacBook Air 怎么安装bio-linux?是不是没有Mac 版的vm?

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10 老师您好，做基因家族分析有几个问题不明白想问问您：（1）实在找不到组装到染色体的基因组，可以用scaffold水平的画基因重复性图吗？会不会影响发文章 （2）能不能分析两个比较有相关性的基因家族或者结合转录组分析，增加一点文章接受几率？（3）用hmmsearch筛选蛋白，构建新模型，再筛选，筛出来200多个蛋白，但是alignment之后发现保守结构域差别很大，gap特别多，是出了什么问题吗？

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老师，请问一下，由于从NCBI下载的数据中的基因、蛋白和染色体名称的不同导致用你给的W.sh文件的脚本提取不出转录本ID，该怎么办？

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5 请教老师mcscanX作图问题

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mcscan/AT.blast文件的生成

  • Li 2020-03-04 07:47
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求助大佬，想做基因家族分析，目标物种在网上只有三个组装的基因组，JGI上和NCBI其中一个都没有组装到染色体层面，NCBI另一个组装到染色体了，但是没有gff文件和蛋白序列，这种情况应该怎么办？不能做与染色体位置有关的分析了吗？

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学习有参转录组分析中遇见的问题

  • 2020-03-03 23:37
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请问老师这种图用什么软件做的？将不同染色体上的同源基因用相同颜色表示

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用什么软件来分析IR边界

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30 TCGA中比如说我要下病例报告，slide，还有msi怎么下载?

  • 2020-03-03 09:41