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老师好，我想问一下，RSEM、FPKM和TPM是一个什么样的关系呢？reads count又有怎样的用途，与前面三个有关系吗？有一篇paper中说，The RNA-Seq by Expectation–Maximization (RSEM) expression values were used for statistical analysis.这是说统计学分析需要用RSEM标准化处理后才能进行吗？

  • QQ 2019-10-04 10:44
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R中apply同时计算行和列使用c(1,2)，为什么不起作用

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下面R语言while循环中为甚输出的不是最后一个值？

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老师您好，我在安装MCScanX时，按照手册修改好了三个文件，make之后出现了错误

  • Iron 2019-10-03 10:50
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老师您好，我在用vi打开并修改文件后无法退出，就是在安装MCScanX那块，请老师帮帮忙解决这个问题

  • Iron 2019-10-03 01:21
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Mapchat导入文件不能作图

  • zhoy 2019-10-02 22:19
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进化树美化问题

  • zhoy 2019-10-01 18:02
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老师，构建拟南芥特异性nbs基因家族hmm文件进行hmmsearch（e-20）搜索到的序列还需要到pfam或CDD进行再次搜索验证么，不进行这一步可不可以

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关于mcscan的问题

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无参转录组怎么分析？

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GO层级整理

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基因家族在求串联复制是，是自己写perl 脚本根据在染色体上距离不超过200kb来计算，还是要MCScanx的计算结果好呢？

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基于R语言开发的软件包存放在哪里？

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无参转录组比对达到多少。认可为相应基因？

  • yc 2019-09-28 16:07
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您好，我在数据库中搜索到了某个物种基因组测序的SRA序列，但没有注释。请问，我可以把它下载下来，就某一个基因家族序列进行注释吗？

  • yc 2019-09-28 16:06
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Trimmomatic软件可不可以去除hiseq4000的接头

  • 2019-09-28 14:42
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你好，我想问一下，为什么分染色体提取的序列有的能全部提取到，有的只能提取到一条？谢谢！老师您好，您看看这个输入文件，是不是有问题？谢谢

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老师，你好。在做有参转录组分析，转录本基因表达量出来之后，发现里面找不到我期待的同源基因（ID)，不过里面发现了好多MSTRG.这样的ID，问题是这些ID在我的注释文件里根本没有，详细情况如下

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为什么用KEGG mapper作图pathway 没有呢？

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5 WGCNA运行代码问题sft