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我在利用GATK进行SNPcalling前对bam文件进行Markduplication时，运行命令后，并没有生成去除重复reads后的bam文件，请问是什么原因？

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hisat2建立index时的问题

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用ClustVis绘制热图出现的状况

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使用circos绘制彩图的时候，内部所有的线性关系都无法显示，怎么回事？

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circos作图时，运行到最后的作图步骤的时候出现了bug

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McscanX做圈图时有缺口，怎么让它变成一个完整的圆？

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老师，只有FPKM的话，能用什么R包做差异分析啊？

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已知具体某个基因，是如何做共表达分析的

  • 2019-12-11 09:51
2 解决

你好，我遇到了和你一样的问题，Circos could not find the configuration file，你解决了吗？谢谢

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老师您好，在基因家族分析中，进行共线性分析绘图时，一直出现一下报错，麻烦老师帮忙解答一下

  • 2019-12-10 15:51
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做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，出现如下问题，请问老师这是什么原因呀

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如何查找青蒿素合成的相关基因

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PAML使用

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筛选两个结构域

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我有一组数据想做个heapmapper热力图，您能帮我处理一下吗，我打开网址不会用，1为想关性，2为显著性

  • ... 2019-12-08 12:09
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老师，你好。在做有参转录组分析，准备的文件有基因组注释文件gtf,cds,pep(其中cds,pep都是fasta格式的序列文件），命令如下。其中第一个截图是参考pep文件，比对率为0，；第二个结果是参考cds文件，比对率为57.81%，比较低，这是哪里出了问题吗。另外所以准备的文件应该是cds文件而不是pep文件是吗

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老师，麻烦问一下，共线性分析作图时遇到这个问题是什么意思？

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cg view使用问题

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构建进化树时，有一个基因家族成员的domain序列太短，成列删除gap也不行，删除整条序列后才能构建进化树，但是这个基因的确是成员之一，有什么解决办法吗

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一个基因的domain在不同的数据库网站上的注释长度不同，比如在CDD上1-30，在RGAP上1-31。我是否可以在在构建进化树时，同一使用CDD注释的长度。