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请问老师，gff 文件中有id 信息，但是cds 文件中只有转录本信息，如何进行修改课程脚本，进行cds 提取啊！

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下图蓝色块是我想研究的结构域，按老师讲的脚本应该$a[9]==3，可是为什么提取不到这部分的结构域序列呢？请问哪里是不是错了呢？我该怎样调整呢？之前做的这个文件geneid2mRNAid.txt也是空的。

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老师您好，请问一下在做WGCNA的时候，形状数据文件具体是哪种的呢，因为课程里的是直接给出来的形状文件做分析，看着有点摸不着头脑，想请问一下这个形状文件是怎么来的吗？我还不太理解这个文件

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老师，您好。我完全按照视频课程整理好自己的数据，按照相同的操作，案例数据可以出图，自己的数据却不行。您可以指导一下么？我的OTU ID不对么？还是我的丰度值太大呢？我没有搞明白我的数据错在哪里还是说筛选的时候要更改设置？感谢！

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请问一下做WGCNA时，出现这种问题如何解决呢？用的是课程的数据

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5 你好，冒昧打扰！我是小白，想向你请教mapman问题。就是自己数据ID怎么与mappingID匹配上？

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5 mapman Mercator注释碱基序列过长如何解决？

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qPCR问题

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无法运行meme

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3 如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家族成员ID，得到了家族成员列表，后续的基因家族分析中都再用WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt,而不用confirmed_IDlist.txt。我用了一下后者，后续文件提取不成功。如果只有家族成员ID，没有hmmsearch的输出文件，后续的基因家族分析怎么做

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转录组问题

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哥，您好，如何检查GFF文件里面的mRNA ID是否对应一致，或者如何改脚本，get_gene_weizhi.pl

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ggplot，超过12种颜色，scale_color_brewer(type="seq",palette="Paired", direction=-1)+ 颜色不够用

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R语言怎么写循环，对多个元素进行重复操作？

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转录组问题

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3 为什么预测基因家族顺势原件位置信息出来是空表

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基因 定位到染色体时，获取染色体的位置信息报错[fai_build_core] different line length in sequence 'Chr2'. zsh: segmentation fault samtools faidx all.fa

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为什么第一次搜索结构域搜出来是空的？

  • 2019-11-05 09:17
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hmmsearch的输出文件的E值可以向大调吗？

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5 用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so reverse-determinize...”