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10 我现在有公共数据库其中500＋种子，自己测了这种品种的一些表型，要做GWAS分析的话，请问老师，是通过下载fastq文件，自己组装拼接，然后比对到参考基因组上，然后获得这500个品种的VCF文件，然后进行GWAS分析吗？

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10 保留蛋白编码基因一直错误!!!

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3 单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后报错

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被鉴定过的基因家族

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https://snp-seek.irri.org/_download.zul从这个网站下载全基因组测序文件，进行GWAS分析，下载哪几个啊

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https://snp-seek.irri.org/_download.zul从这个网站下载全基因组测序文件，进行GWAS分析，下载哪几个啊

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从ncbi中下载了sra文件到Linux中，如何把文件格式转换为fastq格式呢，复制文章中的命令显示报错

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Tassel进行自己的GWAS分析中，自动分析pca时，不生成pca1~3文件（使用的是服务器）

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如何清除后台的这个镜像呢

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单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因

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5 进行基因注释过程中运行这个脚本perl $scriptsdir/pasa_extract_best_candidate_geneModels.pl $DATABASE.assemblies.fasta.transdecoder.genome.gff3 $DATABASE.assemblies.fasta.transdecoder.cds 3 900 0.60 0.95 0.95 > best_candidates.gff3出现错误。希望老师解答，谢谢

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VCF文件

  • bomm 2024-01-25 00:00
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cytoscape替换ID报错

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请问老师怎么获得这个gff3_file_to_proteins.pl脚本来着？

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输出的关联区域内基因的文件是空的，难道是因为region_merged.bed内的内容太少了吗

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使用了pop-evol-gwas2.0,还是报错，但是我安装的时候这个2.0特别快，一下就好了。

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老师请问这个比较基因组课程里串联法构建进化树，脚本里面的构树次数是不是不能小于50次啊，然后想问一下串联法和并联法一般来说哪个方法出结果比较快。

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3 怎么把GB文件转为GFF3文件

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为什么做gwas分析的时候，经过性状数据分析的步骤后，输出的文件种表型只剩317个，都是我的数据应该是340个左右（只是一年的数据）

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GeMoMa报错

  • suj 2024-01-22 10:56