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从NCBI上下载的注释文件在进行叶绿体比较基因组分析，例如IR边界分析时，是否需要先人工校正

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pfam选择

  • nuli 2024-01-05 16:45
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请问用相同的文件，只是把名字改了一下，然后docker自动把重复的序列删除后，为什么出来的motif不一样啊

  • 李 2024-01-05 15:36
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为什么找不到如下路径呢？？CAFE软件如何安装？

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hummersearch命令出错-2

  • nuli 2024-01-05 11:57
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基因家族鉴定数据准备

  • nuli 2024-01-05 11:47
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hmmersearch命令出错

  • nuli 2024-01-05 10:42
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注释完绘图出现报错信息

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docker 基因家族鉴定提取CDS序列 命令报错

  • nuli 2024-01-04 20:37
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在构建进化树的时候，发现分组与拟南芥中的不同，比如A4分组被分开了，请问有什么解决方法吗？老师我看到了这个问题您回答说调整多序列比对结果，具体是怎么调整呢？

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有2个问题想请问老师，1基因名字字体过大，如何调整字体，2进化树分支线太短，看不清楚，如何将线拉长

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老师，转录组差异基因报错，求助，谢谢

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获取选择区域的基因

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请问在引物设计时出现了这样的问题怎么解决啊？

  • kid 2024-01-03 15:54
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您好！我是R语言的新手，在用hchinamap程序绘制地图时，出现cannot coerce type 'closure' to vector of type 'character'，出现这类错误怎样解决呢？请指教，谢谢！

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vcftools --vcf GT_AGCT_Liujingyan.vcf --max-missing 0.5 --maf 0.05 --remove-indels -- min-alleles 2 --max-alleles 2 --minDP 2 --minQ 20 --recode -- stdout >SNP_filter_maf0.05_miss0.5.vcf在这基础上增加杂合率，激昂杂合率设为80%或者60%，如果是自交系或纯合体，杂合率设为10%-20%怎么改

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5 Gemma做GWAS的时候，用Gemma自带的文件运行时， mv ./output/kin.sXX.txt . 这步出错了，提示mv: cannot stat ‘./output/kin.sXX.txt’: No such file or directory

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Gemma做GWAS的时候，用Gemma自带的文件运行时， mv ./output/kin.sXX.txt . 这步出错了，提示mv: cannot stat ‘./output/kin.sXX.txt’: No such file or directory

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CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

1 解决

老师，如果基因家族鉴定出来只有几个，按照HKT那个文献说的也要鉴定其他物种的基因家族，合并结果是合并通过基因家族基因列表对应基因的蛋白序列吗，可以用大讲堂的镜像完成吗，如果可以应该用哪个命令，或者只能自己整理。还有就是应该可以不通过blast的方式鉴定其他家族的基因，也可以重复利用镜像完成hmmer搜索候选的HKT吧