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老师，您好，我在运行gatk的HaplotypeCaller时，因为样本过多（二三百个样本），运行成功的单个样本运行了24+个小时，尝试了采用ParaFly工具多任务并行，并且也尝试了同时运行多个nohup sh gatk.g.sh > gatk.g.sh.o&（一个gatk.g.sh对应一个样本），但是都是在十几分钟后终止进程了，查看了其中一个gatk.g.sh.o文件，文件内容如下，烦请老师帮忙提出问题及解决方法，非常感谢

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按照您昨天提供的IndexFeatureFile 工具来构建gvcf文件索引时，依旧出现报错现象，无法索引，怎么办

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Sripts插件缺失，之前下了scripts的文件，然后在本地跑代码的时候跑出来文件发现为0，后找对接老师拿了压缩包，导入后还是不对，后检查，发现还是少了这个插件

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老师 就是我也买啦那个群体遗传的那个课程 我看啦一下 就是您课程上讲解的是下载参考基因组是拟南芥 我是做越峰杜鹃的 然后我重测序的也是 我的参考基因组是不是我自己组装出来越峰杜鹃的那个基因组啊 还是其他的呀 这里我没懂

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10 您好，请问20240627这个程序里，如何能merge后进行meta date分组呢？

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请问老师SNP注释报错这个信息怎么办解决.

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成功得到了gvcf文件后，合并gvcf文件时，在导入db步骤中，由于gvcf文件超出了idx索引的处理范围，因此我使用CSI建立索引后，发现导入db的代码依旧无法运行，需要idx格式的索引，怎么办

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Rstudio server 报错可能原因，重启 服务器之后

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老师，我按照多样本的代码生成gvcf文件后，发现并没有视频里讲解所说的tbi格式的索引文件，这是怎么回事呢，我需要怎么做啊

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请问老师这个LDA图中的other为什莫会出现呢，如何去除，直接在图里截掉，这样可不可以呢

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Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": unable to connect to 199.59.149.205:443. Do you need an HTTP proxy?

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mcsanx作图问题

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数据质量查看遇到问题，后续，代码又试了没问题，但是好像缺了什么插件，请老师帮忙

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您好，我想请教一下如果是十个样品分别用不同TMT标记然后混合只进了一针质谱应该怎么用MaxQuant搜库呢，我搜出来的感觉不太对，谢谢您。

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基因组间共线性分析作图问题

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老师我想请教，我现在测的表型数据是一年的，每个品种的含油率测了三个重复，我这种检测表型的正态分布，是根据它的BLUP去看表型是否符合正态分布吗

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5 老师您好，我使用P-value进行转录组差异基因筛选，被审稿人质疑了，我看到您之前回复2020年的帖子说校正后p值筛选差异基因较少时用P-value也行，这种情况得后期用qpcr验证我数据是准确的是吗，我之前做了qpcr验证，但是用的不是我关注的差异基因，现在也不能补关注基因的定量了。我准备找几篇使用未校正p值的文章加上我之前做的qpcr来解释我的分析是可行的，您觉得这样可以吗？

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数据质量查看出现问题

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PAV基因列表中的基因1和基因2出现重复

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10 monocle3 trajectory analysis

  • 2024-10-08 17:29