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你好老师，我想请问一下，有没有代码可以计算群体的多态性信息含量PIC值，观察等位基因数A，有效等位基因数Ae啊，ddRAD测序做的分析有限，想增加点分析

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老师，请问selective sweep analysis如何分析

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fasttree 建树时没有找到这个软件

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iqtree2不报错，自动停止运行。

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docker创建共享文件夹失败，docker run rm it -v D:\gwas anlysisl:work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.2命令后出现invalid reference format怎么解决

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如何TajimaD筛选选择区域内的受选择基因的问题

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怎么过滤vcf文件中INFO列中的DP参数？

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群体遗传分析过程中无法构建进化树

  • per 2024-07-22 08:55
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下载不了镜像（omicsclass/pop-evol-gwas:latest）

  • per 2024-07-17 11:53
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请问为什么三个pca成分成为作为pca协变量控制群体结构对GWAS关联准确性的影响进行GLM和LLM时，识别到四个协变量，删除第一行截距后，仍旧识别到四个协变量，这是为什么啊

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Treemix分析中无法生成input.frq.strat文件

  • per 2024-06-30 16:16
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5 Treemix分析中无法生成input.frq.strat文件

  • per 2024-06-30 12:11
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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

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PSMC分析没有查到mutation rate

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老师，用admixture做群体结构时，可以绘制单独一个k值的结构图吗？另外用代码跑出来的图怎么修改横纵坐标的字体以及大小呢？

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老师好，我在做群里遗传进化算pca时，得到的文件都是0。但是没有报错

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对于同一种系来源的生物体的基因组（比如都是人类的基因组），我要进行连锁不平衡分析，不同批次的数据对连锁位点的判断相同吗？

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5 stairway-plot里的mu（每代每位点的突变率）参数怎么确定？mu: assumed mutation rate per site per generation.