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课程的IBD分析可以分析个体之间的IBD吗？计算得到的是IBD距离还是系数？想要通过IBD计算亲缘关系系数该如何操作？

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5 stairway-plot里的L参数怎么确定？

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如何实现把InDel标记变为SNP格式？

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PSMC分析

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群体结构分析

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5 Treemix分析中无法生成input.frq.strat文件

  • per 2024-06-30 12:11
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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

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老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在构建进化树的时候利用run_pipeline.pl -Xmx200G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个命令操作的，但生成的supergene里面有好多命名重复，这是怎么回事？由于这个重复就导致我没法做进化树

  • per 2024-06-04 16:19
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进化树画图

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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

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群体遗传分析过程中无法构建进化树

  • per 2024-07-22 08:55
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老师，用admixture做群体结构时，可以绘制单独一个k值的结构图吗？另外用代码跑出来的图怎么修改横纵坐标的字体以及大小呢？

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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

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PSMC分析没有查到mutation rate

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对于同一种系来源的生物体的基因组（比如都是人类的基因组），我要进行连锁不平衡分析，不同批次的数据对连锁位点的判断相同吗？

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Treemix分析中无法生成input.frq.strat文件

  • per 2024-06-30 16:16
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docker创建共享文件夹失败，docker run rm it -v D:\gwas anlysisl:work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.2命令后出现invalid reference format怎么解决

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怎么过滤vcf文件中INFO列中的DP参数？

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如何TajimaD筛选选择区域内的受选择基因的问题

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fasttree 建树时没有找到这个软件