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iqtree2不报错，自动停止运行。

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Treemix分析中无法生成input.frq.strat文件

  • per 2024-06-30 16:16
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5 stairway-plot里的mu（每代每位点的突变率）参数怎么确定？mu: assumed mutation rate per site per generation.

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5 stairway-plot里的L参数怎么确定？

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课程的IBD分析可以分析个体之间的IBD吗？计算得到的是IBD距离还是系数？想要通过IBD计算亲缘关系系数该如何操作？

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如何实现把InDel标记变为SNP格式？

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5 我手里有老师给的700＋水稻品种，这700＋品种重测序结果直接从水稻3K里down下来的，请问可以用来做遗传群体进化分析吗？

  • 2023-11-14 15:42
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您好，GWAS中的LD衰减分析，需要对用到的VCF文件进行过滤（缺失率，第二等位基因频率等）吗？

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你好，我也遇到了相同的问题“PSMC分析有效群体大小（Ne）,跑出来的psmc.fa文件是空的”，请问你的问题解决了吗？ 我的测序深度是150X

  • Roy 2023-04-13 22:39
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你好，我也遇到了相同的问题“PSMC分析有效群体大小（Ne）,跑出来的psmc.fa文件是空的”，请问你的问题解决了吗？ 我的测序深度是150X

  • Roy 2023-04-13 22:39
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PSMC分析作图时物种的繁殖速度参数如何设置

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自己LDdelay时，绘制不出图且ld.bin.gz和ld.stat.gz文件大小只有1kb，请问问题出在哪里？

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10 您好！在用XP-CLR时遇到问题 AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys' 该如何解决呢？

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老师您好，我用mutmap的方法分析了f2群体，有三个峰，有个一个峰在99阈值之上，但是做基因分分型时 要么是突变体基因型要么是野生型基因型，而且区间前半段设计不出引物

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请问我想用GWAS的自然群体进行KAKS分析，请问有什么具体的操作流程吗？

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请问预测到motif后，有没有网站可以查找它的功能

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群体课程里面 得到的Fst区间 如何合并区间并计算相应的Fst值？

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您好，可以把单子叶植物Ka/Ks突变速率参考文献发给我一下吗？我的邮箱：1316648272@qq.com。万分感谢！

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10 如何用PAML通过4d sites计算mutation rate?

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5 关于paml包里的codeml 程序计算的问题