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宏基因组数据预处理问题

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lefse分析细节

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宏基因组得到的物种相对丰度表进行kw差异分析或者Lefse分析时，对数据提前进行对数处理合理吗

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老师您好，我在运行alpha diversity calculation 这段代码时出现报错信息，没有alpha_diversity.py这个文件，校验了下提供的代码确实没有，售后老师说可能是软件自带的，请问这种情况改如何解决？alpha_diversity.py，beta_diversity_through_plots.py，make_2d_plots.py，nmds.py，upgma_cluster.py这些都没有

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老师您好，我在运行collapse_samples.py这段代码用于物种注释时出错，出错信息为 qiime.parse.QiimeParseError: No header line was found in mapping file.请问该如何解决？

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在docker中用cleandata与宿主序列比对得到sam文件这一步出现错误，

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lefse分析细节

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想咨询一下老师，这个图大概是咋做出来的，应该用到什么样格式的数据，在网上没搜到教程，主要是需要什么数据，谢谢老师

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老师这个示例文件夹里没有东西，我cd到01.prepare_data文件夹下里面时候空的

  • Oho 2025-03-09 11:43
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老师 请问这个运行时需要很久吗，上面显示的需要7天

  • Oho 2025-03-08 15:13
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老师我在解压eggnog.db.gz文件时显示失败

  • Oho 2025-03-08 09:57
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宏基因组基因定量salmon

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想请教一下 cds.TEM 数据 ，然后也得到了cds里的名和KO0001表对应好的eggNOG里的表。想变成 KO0001-样本 的丰度数据表，应该怎么操作，合并KO0001的丰度？

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请问这个是中间文件吗，注释成功后，就可以删除掉，节约空间，是吗？

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组装后的cds.fa文件进行Kegg注释

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请问可以同时运行2个terminal吗，在内存和存储还有cpu都有剩余很多的情况下

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请问这2个sam文件对后续有什么帮助吗 占用内存太大 想删掉 不知道有没有用

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想咨询一下，我有1批宏基因组数据，可不可以样本对半，分成2次进行

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CAZy注释阶段，hmmer的太慢占用cpu只有一直很少

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想咨询一下各位老师，宏基因组注释的时候，我有总共160G的土壤宏基因组数据(21个样本)