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测序reads和参考基因组进行map,参考基因组的fna扩展名的文件和fa扩展名的文件一样吗？需要转换吗？

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fastq.gz文件合并

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群体重测序, 进化树中如何添加外群?

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重测序中两个GATK运行都失败，显示如下代码和图片，麻烦老师进行解答

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CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

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10 基因组重测序，变异结果注释的时候出现了Error: invalid record found in annovar outputfile

  • 2023-10-18 14:48
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3 用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点，而是在合并之后都变成了缺失，想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗，有什么办法？

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ANNOVAR变异注释报错：Erro: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

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用linux系统做gwas时运行脚本报错[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0

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变异注释

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5 大佬们，构图软件lepmap、joinmap分群的时候怎么让分群数与染色体数一致？调LOD值也很难保持一致，求大佬们解答！！！

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structure_plot.r 停止调用

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老师，请教一下，用gatk call g.vcf.gz格式的文件是，运行中断了，请问怎么样才能和之前跑的数据接着跑，而不是从零开始呢

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SNP过滤问题

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5 gwas分析tassel软件GUI界面PCA文件，表型，和hapmap文件合不起来

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遗传图谱构建中群体SNP检测与开发

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5 请问在用SURVIVOR进行多样本SV合并出错

  • 2024-04-14 13:38
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PopLDdecay总是显示command option error

  • 231 2023-09-27 15:49
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请问老师为何绘制snp密度图报错？

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Fst染色体数量不对

  • 231 2024-01-16 22:21