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fastq.gz文件合并

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重测序中两个GATK运行都失败，显示如下代码和图片，麻烦老师进行解答

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CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

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ANNOVAR变异注释报错：Erro: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

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3 用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点，而是在合并之后都变成了缺失，想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗，有什么办法？

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用linux系统做gwas时运行脚本报错[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0

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变异注释

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5 大佬们，构图软件lepmap、joinmap分群的时候怎么让分群数与染色体数一致？调LOD值也很难保持一致，求大佬们解答！！！

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SNP过滤问题

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5 请问在用SURVIVOR进行多样本SV合并出错

  • 2024-04-14 13:38
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5 gwas分析tassel软件GUI界面PCA文件，表型，和hapmap文件合不起来

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使用GATK的GenomicsDBImport合并gvcf导入db时报错Unexpected compressed block length: 1 for /work/GATK/BN14.g.vcf.gz

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Fst染色体数量不对

  • 231 2024-01-16 22:21
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在NCBI网站上，同一个SAMN具有多个SRR文件，获得的fastq文件合并成一个文件

  • bomm 2023-12-14 22:46
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变异结果过滤，gatk VariantFiltration

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50 单倍型报错

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请问在引物设计时出现了这样的问题怎么解决啊？

  • kid 2024-01-03 15:54
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请问老师，使用annovar进行注释出现报错，如下：Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

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合并g,vcf

  • Jay 2024-03-11 19:42
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注释完绘图出现报错信息