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GATK 报错

  • Elf 2024-04-03 13:17
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参数设置

  • Jay 2024-01-15 13:41
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重测序中GATK无法运行

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获取选择区域的基因

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我在call snp,使用GATK导入db,得到的结果中没有callset.json文件，我一共15条染色体，db文件夹里只有两个染色体的文件夹内容，麻烦老师解答

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mutmap

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30 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。

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老师好，我在CALLSNP变异过滤时报错有几万行相同的错误。

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snp密度图绘制

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GCVF合并

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如何确定选择分析中的窗口和步长？

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100 SMC++进行种群历史分析时所用的VCF是否需要LD过滤

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VCFtools计算fst, pi, ROD, tajimaD, xpclr计算xpclr，得到这些结果作图的时候，曼哈顿图有阈值线，怎么给平滑曲线加上阈值线？另外，平滑曲线的值是经过怎么转换？

  • 2024-07-14 12:04
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变异结果统计与绘图展示

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测序数据比对

  • Jay 2024-01-09 12:36
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VCF文件

  • bomm 2024-01-25 00:00
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小麦GATK索引问题：对多个g.vcf.gz文件合并，遇到的问题？

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重测序批量循环样本比对bwa

  • Song 2024-05-09 11:30
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CNV拷贝数变异分析

  • bomm 2024-01-13 16:22
1 回答

vcftools过滤除了等位基因选项外，其他参数通通没用