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群体遗传SNP获取

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GWAS分析中，发现最显著的信号SNP的位置是在一个基因的同义突变。

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Error running system command: </biosoft/annovar/2018Apr16/table_annovar.pl /work/my_reseq/5.var_ann/snp.avinput /work/my_reseq/ref -buildver unknown -outfile /work/my_reseq/5.var_ann/snp -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -otherinfo>

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请问重测序可以得到某物种的全基因组序列吗，能不能从重测序数据中找到某个基因的完整序列？

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关于annover建库问题

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bam文件排序时出错

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gvcf转换成vcf

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ANNOVAR注释问题

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10 在singuarity使用gatk时调用不了HaplotypeCalle指令

  • 233 2024-07-03 14:57
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如果是基于已知的两个遗传位点，用GWAS分方法的目的是研究这两个位点随时间序列的跟踪，处于这样的目的40个品种够吗，出于这样的目的的话对品种数量有要求吗？

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重测序circos运行失败

1 解决

bwa比对

  • Jay 2024-03-04 18:37
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使用tassel软件对vcf文件排序时出现ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - java.lang.IllegalArgumentException: AlleleDepthUtil: depthIntToByte: Can not have negative depth values: -8448

  • mike 2024-03-18 18:42
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在学习基因组重测序过程中，执行变异结果统计与绘图展示的命令报错

  • 2024-03-26 11:13
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有40个样本的基因型（重测序结果）、表型数据。可以做什么分析？

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变异结果过滤

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LD衰减分析

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重测序数据可以用来做基因家族的共线性分析

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CNV拷贝数变异

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遗传多样性不出图