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请问如何计算总体的pi值？

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合并g,vcf

  • Jay 2024-03-11 19:42
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获取选择区域的基因

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mutmap

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GATK

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VCF文件

  • bomm 2024-01-25 00:00
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重测序

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call snp

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30 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。

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如何从重测序的原始数据中提取某个基因序列？

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我在call snp,使用GATK导入db,得到的结果中没有callset.json文件，我一共15条染色体，db文件夹里只有两个染色体的文件夹内容，麻烦老师解答

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重测序中GATK无法运行

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基因组重测序使用qualimap 出现Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:18.0' as the value of the DISPLAY variable.

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GCVF合并

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gVCF文件转换成VCF格式时，已经在后台运行了很久了，突然程序关闭了，报错信息显示：

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重测序

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系统发育树

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老师好，我在CALLSNP变异过滤时报错有几万行相同的错误。

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测序数据比对

  • Jay 2024-01-09 12:36
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VCF注释

  • Jay 2024-05-16 11:41