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重测序cnv变异需要至少多少乘数据？

  • Iron 2024-03-13 21:47
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用GATK call SNP时报错

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求助，怎么把vcf文件中的非变异位点去掉呀？

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重测序比对

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单倍型结果的解读

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这里是啥情况

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老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在fst pi tajimaD分析的过程中，发现生成的曼哈顿图没有数据，在第一步的过程中，我们确实成功的生成了染色体对应的起始位置和pi值，但在pi多样性绘图输出时却发现没有数据，这是怎么回事呢，请老师帮忙解决

  • per 2024-06-21 16:37
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为什么docker中cocker search 搜不到omicsclass了

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在重测序中对某一个基因在不同群体中的突变频率图怎么作，有脚本可提供不？

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进行picard.jar MarkDuplicates REMOVE_DUPLICATES时，出现如下错误，烦请老师解答，谢谢！

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单倍型分析报错

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得到INDEL,在做注释的时候报错。

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电脑上无法学习

  • per 2024-07-27 11:16
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使用重测序的var_density.R脚本没有按照染色体正确排序，这个怎么解决？

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成功得到了gvcf文件后，合并gvcf文件时，在导入db步骤中，由于gvcf文件超出了idx索引的处理范围，因此我使用CSI建立索引后，发现导入db的代码依旧无法运行，需要idx格式的索引，怎么办

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老师，您好，请问如何展示出染色体上某个基因的，或者说某个位点附近的核苷酸多样性值，FST值或者tajimas值。

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PSMC

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变异结果统计与绘图时，最后一步出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 17 did not have 34 elements的问题，查看文件发现并没有缺失的部分，怎么解决

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老师好，请问一下为什么annovar注释完下图所示第1列与最后两列的突变信息不一致啊，网上很多教程我看也有这个问题似乎，所以比如第一行核苷酸到底是什么突变成什么了呢？谢谢！

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10 请问老师我跟着重测序课程做到了VCF过滤这步,是不是三种方法任意使用一种方法过滤就好.