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570
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在对bam文件进行排序时,因为参考基因组太长,出现这两个报错,会影响后续分析嘛
bam文件排序
啊呀。
2024-09-26 10:51
0
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568
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老师,请教一下,重测序时对bam文件排序出现问题,提示Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Invalid lookback distance found.怎么解决呀
Evening
2024-07-30 17:47
1
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533
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老师您好,我在参考基因组建立索引时,系统报错说有1700个基因区域没有ORF,但是我的参考基因组和注释文件都是从文献链接里下载的,不知是否会影响我的后续关于群体进化的分析呢?
参考基因组
建立索引
ANNOVAR
啊呀。
2024-09-20 16:25
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老师,您好,我在运行gatk的HaplotypeCaller时,因为样本过多(二三百个样本),运行成功的单个样本运行了24+个小时,尝试了采用ParaFly工具多任务并行,并且也尝试了同时运行多个nohup sh gatk.g.sh > gatk.g.sh.o&(一个gatk.g.sh对应一个样本),但是都是在十几分钟后终止进程了,查看了其中一个gatk.g.sh.o文件,文件内容如下,烦请老师帮忙提出问题及解决方法,非常感谢
GATK call SNP
Evening
2024-10-21 15:59
0
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506
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群体结构分析时,执行代码报错
群体结构分析
2024-08-29 21:35
1
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老师,我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入,但是在将gvcf转换成vcf时,发现在Lc2Ns染色体就结束完成了,这是正常现象嘛,是我使用的近源种参考基因组的原因嘛?我的是简化基因组测序的
VCF
gvcf
db
啊呀。
2024-10-24 23:55
2
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466
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老师,问题比较复杂,麻烦您看一下详细的问题描述,小麦基因组
gvcf
db
啊呀。
2024-10-22 12:08
1
回答
441
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老师,我按照多样本的代码生成gvcf文件后,发现并没有视频里讲解所说的tbi格式的索引文件,这是怎么回事呢,我需要怎么做啊
gvcf
啊呀。
2024-10-15 18:43
1
回答
440
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重测序分析docker
听听那冷雨
2024-09-02 23:21
0
回答
437
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10
gvcf文件转vcf文件,创建索引时一直失败,请问
小天才熊宝
2024-10-08 17:17
1
回答
430
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老师,我有141个样品,现在IndexFeatureFile,tabix,bcftools都无法成功构建gvcf的索引,只有CSI格式能成功索引,这个格式在后续也用不了,这个gvcf索引还有其他的解决办法嘛,还是说我只能重新生成vcf文件了
gvcf
啊呀。
2024-10-21 16:30
1
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412
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按照您昨天提供的IndexFeatureFile 工具来构建gvcf文件索引时,依旧出现报错现象,无法索引,怎么办
索引
gvcf
GATK
index
啊呀。
2024-10-19 14:48
0
回答
405
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请问老师SNP注释报错这个信息怎么办解决.
注释
守得云开雾现。
2024-10-16 23:32
2
回答
381
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SRA数据下载
sra
随风
2024-11-06 22:47
1
回答
381
浏览
老师,在第三步vcf文件过滤时,得到的all.clean.vcf文件太小了,宽松设置调整数值后,依旧很小,怎么办啊,有没有其他的方法,可以让最后的数据大一些啊
变异结果过滤
vcftools
啊呀。
2024-11-06 23:46
1
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368
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老师 就是我也买啦那个群体遗传的那个课程 我看啦一下 就是您课程上讲解的是下载参考基因组是拟南芥 我是做越峰杜鹃的 然后我重测序的也是 我的参考基因组是不是我自己组装出来越峰杜鹃的那个基因组啊 还是其他的呀 这里我没懂
烟雨易冷
2024-10-18 14:40
2
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315
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cnvpytor 不运行
随风
2024-11-28 09:19
1
回答
311
浏览
老师,在生成gbcf文件后,发现只运行了前三个染色体的,是我的代码有问题嘛?该怎么解决啊?参考基因组的fasta,fai文件都是好的,前期生成的bam文件也是好的,样品是四倍体,参考基因组是异源四倍体
gvcf
bam
啊呀。
2024-10-25 18:12
0
回答
311
浏览
老师,麻烦您解答一下
gvcf转换vcf
啊呀。
2024-11-03 12:23
2
回答
298
浏览
genome
基因组
随风
2024-11-29 10:58
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